PDB-1xfh: Structure of glutamate transporter homolog from Pyrococcus horikoshii

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1xfh

タイトル

Structure of glutamate transporter homolog from Pyrococcus horikoshii

要素

proton glutamate symport protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Trimeric helical transmembrane protein

機能・相同性

機能・相同性情報

amino acid:sodium symporter activity / L-aspartate transmembrane transport / L-aspartate transmembrane transporter activity / L-aspartate import across plasma membrane / chloride transmembrane transporter activity / protein homotrimerization / chloride transmembrane transport / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus horikoshii (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Yernool, D. / Boudker, O. / Jin, Y. / Gouaux, E.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2004
タイトル: Structure of a glutamate transporter homologue from Pyrococcus horikoshii
著者: Yernool, D. / Boudker, O. / Jin, Y. / Gouaux, E.

履歴

登録	2004年9月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年10月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2018年1月31日	Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.4	2021年10月20日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2024年2月14日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1xfh.cif.gz	219.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1xfh.ent.gz	177.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1xfh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/1xfh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/1xfh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2nwx-d 2nww-d 4izm-d 6bav-d 21991 6v8g-d 6x01-d 6bau-d 7ahk-1 2nwl-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (6)

登録構造単位

A: proton glutamate symport protein

B: proton glutamate symport protein

C: proton glutamate symport protein

134 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.000, 116.000, 322.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	A
5	1	B
6	1	C

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	VAL	VAL	ASN	ASN	A	A	12 - 108	12 - 108
2	1	VAL	VAL	ASN	ASN	B	B	12 - 108	12 - 108
3	1	VAL	VAL	ASN	ASN	C	C	12 - 108	12 - 108
4	2	PRO	PRO	GLU	GLU	A	A	129 - 416	129 - 416
5	2	PRO	PRO	GLU	GLU	B	B	129 - 416	129 - 416
6	2	PRO	PRO	GLU	GLU	C	C	129 - 416	129 - 416

詳細

The asymmetric unit contains the biological relevant trimer

#1: タンパク質	proton glutamate symport protein / glutamate transporter homolog 分子量: 44641.945 Da / 分子数: 3 / 変異: D37H, K40H, K125H, K132H, K223H, K264H, E368H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / 遺伝子: GltPh / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Top10 / 参照: UniProt: O59010

#1: タンパク質

proton glutamate symport protein / glutamate transporter homolog

分子量: 44641.945 Da / 分子数: 3 / 変異: D37H, K40H, K125H, K132H, K223H, K264H, E368H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / 遺伝子: GltPh / プラスミド: pBAD / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Top10 / 参照: UniProt: O59010

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 3.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 70 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4
詳細: PEG 1000, Na/K phosphate, citrate, decyl maltoside, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION

結晶化

*PLUS

温度: 4 ℃

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式
1	7-10 mg/ml	protein	1	drop
2	14-18 %	PEG1000	1	reservoir
3	100 mM		1	reservoir	Li2SO4
4	50 mM	citric acid	1	reservoir
5	50 mM	sodium phosphate	1	reservoir

-
データ収集

回折

平均測定温度: 110 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X25 / 波長: 1.10, 1.0711, 0.9918, 1.0721

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月29日 / 詳細: mono/mirrors

放射

モノクロメーター: Silicon / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.1	1
2	1.0711	1
3	0.9918	1
4	1.0721	1

反射

解像度: 3.5→10 Å / Num. all: 30892 / Num. obs: 30587 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / R_merge(I) obs: 0.078 / R_sym value: 0.078 / Net I/σ(I): 7.3

反射シェル

解像度: 3.5→3.65 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.84 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / R_sym value: 0.84

反射

*PLUS

% possible obs: 99 % / 冗長度: 6.7 %

反射シェル

*PLUS

% possible obs: 98 % / 冗長度: 4.4 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
HKL-2000		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 3.5→10 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.912 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.907 / SU B: 38.389 / SU ML: 0.579 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.627 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Ramachandran plot: Favored (%) = 79.2; Allowed (%) = 20.0; Generously allowed (%) = 0.8 and Disallowed (%) = 0.0.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3091	1428	5 %	RANDOM
R_work	0.28988	-	-	-
obs	0.29086	27199	97.1 %	-
all	-	27199	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 124.432 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.83 Å²	2.41 Å²	0 Å²
2-	-	4.83 Å²	0 Å²
3-	-	-	-7.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.5→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8652	0	0	0	8652

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	8811
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.545	1.974	12054
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.948	5	1212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.12	0.2	1536
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	6402
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.261	0.3	5355
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.228	0.5	605
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.177	0.3	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.036	2	6003
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.865	3	9537
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.759	2	2808
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.231	3	2517
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1540	tight positional	0.17	0.2
2	B	1540	tight positional	0.16	0.2
3	C	1540	tight positional	0.15	0.2
1	A	1214	medium positional	0.27	2
2	B	1214	medium positional	0.27	2
3	C	1214	medium positional	0.26	2
1	A	1540	tight thermal	16.52	3
2	B	1540	tight thermal	9.84	3
3	C	1540	tight thermal	8.21	3
1	A	1214	medium thermal	16.88	10
2	B	1214	medium thermal	10.12	10
3	C	1214	medium thermal	8.43	10

LS精密化シェル

解像度: 3.5→3.58 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.409	89
R_work	0.37	1739

ソフトウェア

*PLUS

バージョン: 5.1.24 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

% reflection R_free: 5 %

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ
X-RAY DIFFRACTION	p_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTION	p_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	p_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	p_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	p_scangle_it

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.409 / R_factor R_work: 0.37

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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