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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1xer | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF FERREDOXIN | ||||||
![]() | FERREDOXIN | ||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT / IRON-SULFUR / DUPLICATION | ||||||
機能・相同性 | ![]() 3 iron, 4 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fujii, T. / Hata, Y. / Moriyama, H. / Wakagi, T. / Tanaka, N. / Oshima, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Novel zinc-binding centre in thermoacidophilic archaeal ferredoxins. 著者: Fujii, T. / Hata, Y. / Wakagi, T. / Tanaka, N. / Oshima, T. #1: ![]() タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Studies on Sulfolobus Acidocaldarius Ferredoxin 著者: Fujii, T. / Moriyama, H. / Takenaka, A. / Tanaka, N. / Wakagi, T. / Oshima, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 28.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 21.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 379.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 380.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11026.577 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | BECAUSE OF THE ELECTRON DENSITY OF THE SIDE CHAIN OF LYS 29 IS NOT CLEAR, THE EXACT POSITION OF THE ...BECAUSE OF THE ELECTRON DENSITY OF THE SIDE CHAIN OF LYS 29 IS NOT CLEAR, THE EXACT POSITION OF THE SIDE CHAIN OF LYS 29 IS UNDEFINED. ALTHOUGH IT IS KNOWN FROM CHEMICAL ANALYSIS THAT THE N-ZETA ATOM OF LYS 29 IS MONOMETHYL | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 33 % |
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結晶化 | *PLUS 手法: batch method |
溶液の組成 | *PLUS 一般名: ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1992年10月24日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.71→35.59 Å / Num. obs: 8689 / % possible obs: 86 % / Observed criterion σ(I): 3 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 11 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 13.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.25 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.09 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.22 |