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- PDB-1xe7: Crystal structure of the YML079w protein from Saccharomyces cerev... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xe7
タイトルCrystal structure of the YML079w protein from Saccharomyces cerevisiae reveals a new sequence family of the jelly roll fold
要素Hypothetical 22.5 kDa protein in TUB1-CPR3 intergenic region
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / jelly roll motif / cupin superfamily / YML079wp / S. cerevisiae
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrimidine-containing compound metabolic process / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cupin domain of unknown function DUF985 / Uncharacterized protein YML079W-like / Cupin superfamily (DUF985) / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / GUANINE / Uncharacterized protein YML079W
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Zhou, C.-Z. / Meyer, P. / Quevillon-Cheruel, S. / Li de La Sierra-Gallay, I. / Collinet, B. / Graille, M. / Leulliot, N. / Sorel, I. / Janin, J. / Van Tilbeurgh, H.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of the YML079w protein from Saccharomyces cerevisiae reveals a new sequence family of the jelly-roll fold
著者: Zhou, C.-Z. / Meyer, P. / Quevillon-Cheruel, S. / Li De La Sierra-Gallay, I. / Collinet, B. / Graille, M. / Blondeau, K. / Leulliot, N. / Sorel, I. / Poupon, A. / Janin, J. / Van Tilbeurgh, H.
履歴
登録2004年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical 22.5 kDa protein in TUB1-CPR3 intergenic region
B: Hypothetical 22.5 kDa protein in TUB1-CPR3 intergenic region
C: Hypothetical 22.5 kDa protein in TUB1-CPR3 intergenic region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,17113
ポリマ－68,2853
非ポリマー88610
水4,468248
1
A: Hypothetical 22.5 kDa protein in TUB1-CPR3 intergenic region
B: Hypothetical 22.5 kDa protein in TUB1-CPR3 intergenic region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,19610
ポリマ－45,5232
非ポリマー6738
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4050 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area16960 Å2
手法PISA
2
C: Hypothetical 22.5 kDa protein in TUB1-CPR3 intergenic region
ヘテロ分子

C: Hypothetical 22.5 kDa protein in TUB1-CPR3 intergenic region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9506
ポリマ－45,5232
非ポリマー4264
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation42_654-x+3/2,z+1/2,y-1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)206.800, 206.800, 206.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number211
Space group name H-MI432

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical 22.5 kDa protein in TUB1-CPR3 intergenic region / YML079wp


分子量: 22761.709 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: YML079w / プラスミド: PCRT7-CT-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pLys / 参照: UniProt: Q03629
#2: 化合物 ChemComp-GUN / GUANINE / グアニン


分子量: 151.126 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5O
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 20-24% PEG 4000, 0.1M Na-Citrate, 0.2M Ammonium Acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.93 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月1日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→20 Å / Num. obs: 81006 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 21.5 Å2 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / Mean I/σ(I) obs: 4 / Rsym value: 0.59 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MAR345データ収集
XDSデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: YML079wp

解像度: 1.75→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 11366119.3 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 3759 5.1 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.22 74257 99.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 64.1065 Å2 / ksol: 0.478675 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 32.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.21 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4520 0 57 252 4829
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 605 4.9 %
Rwork0.264 11689 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3GUN.PARAMGUN.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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