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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xdy
タイトルStructural and Biochemical Identification of a Novel Bacterial Oxidoreductase, W-containing cofactor
要素Bacterial Sulfite Oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Bioinformatics / sequence analysis / electron transfer / molybdoenzymes / molybdopterin
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く; キノンおよび類縁体が電子受容体 / oxidoreductase activity, acting on a heme group of donors / response to hypochlorite / oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, quinone or similar compound as acceptor / protein repair / molybdopterin cofactor binding / outer membrane-bounded periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Protein-methionine-sulfoxide reductase subunit MsrP / Sulfite Oxidase; Chain A, domain 2 / Oxidoreductase, molybdopterin-binding domain / Oxidoreductase, molybdopterin-binding domain / Oxidoreductase molybdopterin binding domain / Oxidoreductase, molybdopterin-binding domain superfamily / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MTE / : / Protein-methionine-sulfoxide reductase catalytic subunit MsrP
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Loschi, L. / Brokx, S.J. / Hills, T.L. / Zhang, G. / Bertero, M.G. / Lovering, A.L. / Weiner, J.H. / Strynadka, N.C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structural and biochemical identification of a novel bacterial oxidoreductase.
著者: Loschi, L. / Brokx, S.J. / Hills, T.L. / Zhang, G. / Bertero, M.G. / Lovering, A.L. / Weiner, J.H. / Strynadka, N.C.
履歴
登録2004年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE The authors believe that there is an an error in the database sequence since the other E. ...SEQUENCE The authors believe that there is an an error in the database sequence since the other E.coli strains with published sequences like the pathogenic strains O157:H7 EDL933, and CFT073 also have an Asp at that position.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacterial Sulfite Oxidase
B: Bacterial Sulfite Oxidase
C: Bacterial Sulfite Oxidase
D: Bacterial Sulfite Oxidase
E: Bacterial Sulfite Oxidase
F: Bacterial Sulfite Oxidase
G: Bacterial Sulfite Oxidase
H: Bacterial Sulfite Oxidase
I: Bacterial Sulfite Oxidase
J: Bacterial Sulfite Oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)342,45530
ポリマ－336,66310
非ポリマー5,79220
水3,999222
1
A: Bacterial Sulfite Oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2453
ポリマ－33,6661
非ポリマー5792
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bacterial Sulfite Oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2453
ポリマ－33,6661
非ポリマー5792
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Bacterial Sulfite Oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2453
ポリマ－33,6661
非ポリマー5792
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Bacterial Sulfite Oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2453
ポリマ－33,6661
非ポリマー5792
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Bacterial Sulfite Oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2453
ポリマ－33,6661
非ポリマー5792
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Bacterial Sulfite Oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2453
ポリマ－33,6661
非ポリマー5792
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Bacterial Sulfite Oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2453
ポリマ－33,6661
非ポリマー5792
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Bacterial Sulfite Oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2453
ポリマ－33,6661
非ポリマー5792
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: Bacterial Sulfite Oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2453
ポリマ－33,6661
非ポリマー5792
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
10
J: Bacterial Sulfite Oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2453
ポリマ－33,6661
非ポリマー5792
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.842, 177.513, 104.214
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.73, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Bacterial Sulfite Oxidase


分子量: 33666.258 Da / 分子数: 10 / 断片: residues 45-334 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
Plasmid details: plasmid pMSYZ3 (construcy with YedYZ cloned) which is derived from plasmid pMS119
プラスミド: pMSYZ3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 and SBJ20 / 参照: UniProt: P76342
#2: 化合物
ChemComp-W / TUNGSTEN ION


分子量: 183.840 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: W
#3: 化合物
ChemComp-MTE / PHOSPHONIC ACIDMONO-(2-AMINO-5,6-DIMERCAPTO-4-OXO-3,7,8A,9,10,10A-HEXAHYDRO-4H-8-OXA-1,3,9,10-TETRAAZA-ANTHRACEN-7-YLMETHYL)ESTER / ピラノプテリン


分子量: 395.352 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O6PS2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.6 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG3350, Magnesium formate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月30日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→40 Å / Num. obs: 146127 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 37.4 Å2
反射 シェル解像度: 2.2→2.31 Å / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1XDQ

1xdq


解像度: 2.2→38.96 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 2806313.85 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 4387 3 %RANDOM
Rwork0.226 ---
obs0.226 144652 98.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 35.0442 Å2 / ksol: 0.307329 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 56.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.42 Å20 Å2-1.51 Å2
2--4.26 Å20 Å2
3---1.16 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.32 Å0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→38.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20897 0 250 222 21369
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.15
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it4.371.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.82
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.782
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.492.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 729 3.1 %
Rwork0.315 23146 -
obs--97.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WTE.PARWTE.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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