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- PDB-1xdm: Structure of human aldolase B associated with hereditary fructose... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xdm
タイトルStructure of human aldolase B associated with hereditary fructose intolerance (A149P), at 291K
要素Fructose-bisphosphate aldolase B
キーワードLYASE / ALPHA/BETA BARREL
機能・相同性
機能・相同性情報


Hereditary fructose intolerance / fructose-1-phosphate aldolase activity / fructose catabolic process to hydroxyacetone phosphate and glyceraldehyde-3-phosphate / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex assembly / fructose binding / Fructose catabolism / fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / fructose metabolic process ...Hereditary fructose intolerance / fructose-1-phosphate aldolase activity / fructose catabolic process to hydroxyacetone phosphate and glyceraldehyde-3-phosphate / vacuolar proton-transporting V-type ATPase complex assembly / fructose binding / Fructose catabolism / fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / fructose metabolic process / Gluconeogenesis / negative regulation of pentose-phosphate shunt / Glycolysis / microtubule organizing center / cytoskeletal protein binding / glycolytic process / gluconeogenesis / centriolar satellite / ATPase binding / molecular adaptor activity / extracellular exosome / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fructose-bisphosphate aldolase class-I active site / Fructose-bisphosphate aldolase class-I active site. / Fructose-bisphosphate aldolase, class-I / Fructose-bisphosphate aldolase class-I / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fructose-bisphosphate aldolase B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Malay, A.D. / Allen, K.N. / Tolan, D.R.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Structure of the thermolabile mutant aldolase B, A149P: molecular basis of hereditary fructose intolerance.
著者: Malay, A.D. / Allen, K.N. / Tolan, D.R.
#1: ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2002
タイトル: The temperature dependence of activity and structure for the most prevalent mutant aldolase B associated with hereditary fructose intolerance
著者: Malay, A.D. / Procious, S.L. / Tolan, D.R.
履歴
登録2004年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fructose-bisphosphate aldolase B
B: Fructose-bisphosphate aldolase B
C: Fructose-bisphosphate aldolase B
D: Fructose-bisphosphate aldolase B
W: Fructose-bisphosphate aldolase B
X: Fructose-bisphosphate aldolase B
Y: Fructose-bisphosphate aldolase B
Z: Fructose-bisphosphate aldolase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)317,24016
ポリマ－316,4728
非ポリマー7698
水63135
1
A: Fructose-bisphosphate aldolase B
B: Fructose-bisphosphate aldolase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,3104
ポリマ－79,1182
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2050 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area24560 Å2
手法PISA
2
C: Fructose-bisphosphate aldolase B
D: Fructose-bisphosphate aldolase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,3104
ポリマ－79,1182
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2050 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area24080 Å2
手法PISA
3
W: Fructose-bisphosphate aldolase B
X: Fructose-bisphosphate aldolase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,3104
ポリマ－79,1182
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2040 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area24380 Å2
手法PISA
4
Y: Fructose-bisphosphate aldolase B
Z: Fructose-bisphosphate aldolase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,3104
ポリマ－79,1182
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2060 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area24390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.421, 153.475, 185.553
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細The biological unit of AP-aldolase is a dimer, corresponding to monomer pairs AB, CD, WX, and YZ. The wild-type enzyme is tetrameric.

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要素

#1: タンパク質
Fructose-bisphosphate aldolase B / Liver-type aldolase


分子量: 39558.938 Da / 分子数: 8 / 変異: A149P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALDOB, ALDB / プラスミド: pGEX-AP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5-alpha / 参照: UniProt: P05062, fructose-bisphosphate aldolase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.7 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: ammonium sulfate, 1,8-diaminooctane, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年1月13日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→100 Å / Num. all: 87953 / Num. obs: 83595 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 7680 / Rsym value: 0.364 / % possible all: 88.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1QO5

1qo5


解像度: 3→79.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 295432.84 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: used ncs restraints between monomers
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.319 7920 10 %RANDOM
Rwork0.271 ---
all0.288 83595 --
obs0.276 79141 89.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 13.4177 Å2 / ksol: 0.294477 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 60.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-16.2 Å20 Å20 Å2
2--12.39 Å20 Å2
3----28.59 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.52 Å0.44 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a1.15 Å1.02 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→79.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18475 0 40 35 18550
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.93
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3→3.11 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.448 650 10.8 %
Rwork0.437 5370 -
obs-7735 69.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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