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- PDB-1xdg: X-ray structure of LFA-1 I-domain in complex with LFA878 at 2.1A ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xdg
タイトルX-ray structure of LFA-1 I-domain in complex with LFA878 at 2.1A resolution
要素Integrin alpha-L
キーワードIMMUNE SYSTEM / Rossman-fold / I-domain
機能・相同性
機能・相同性情報


memory T cell extravasation / integrin alphaL-beta2 complex / ICAM-3 receptor activity / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / integrin complex / leukocyte cell-cell adhesion / cell adhesion mediated by integrin / receptor clustering ...memory T cell extravasation / integrin alphaL-beta2 complex / ICAM-3 receptor activity / T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / integrin complex / leukocyte cell-cell adhesion / cell adhesion mediated by integrin / receptor clustering / Integrin cell surface interactions / phagocytosis / specific granule membrane / cell adhesion molecule binding / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / cell-cell adhesion / integrin binding / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / cell adhesion / inflammatory response / external side of plasma membrane / Neutrophil degranulation / cell surface / signal transduction / extracellular exosome / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Integrin alpha cytoplasmic region / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / von Willebrand factor, type A domain / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrins alpha chain signature. ...Integrin alpha cytoplasmic region / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / von Willebrand factor, type A domain / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / Integrins alpha chain signature. / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin alpha, N-terminal / Integrin domain superfamily / von Willebrand factor type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type A domain / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AB8 / Integrin alpha-L
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Weitz-Schmidt, G. / Welzenbach, K. / Dawson, J. / Kallen, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Improved lymphocyte function-associated antigen-1 (LFA-1) inhibition by statin derivatives: molecular basis determined by x-ray analysis and monitoring of LFA-1 conformational changes in vitro and ex vivo
著者: Weitz-Schmidt, G. / Welzenbach, K. / Dawson, J. / Kallen, J.
履歴
登録2004年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32013年2月20日Group: Database references
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrin alpha-L
B: Integrin alpha-L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0936
ポリマ－42,8512
非ポリマー1,2424
水2,666148
1
A: Integrin alpha-L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0473
ポリマ－21,4261
非ポリマー6212
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Integrin alpha-L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0473
ポリマ－21,4261
非ポリマー6212
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.900, 77.400, 92.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Integrin alpha-L / Leukocyte adhesion glycoprotein LFA-1 alpha chain / LFA-1A / Leukocyte function associated molecule ...Leukocyte adhesion glycoprotein LFA-1 alpha chain / LFA-1A / Leukocyte function associated molecule 1 / alpha chain / CD11a / alphaLbeta2 / CD11a/CD18


分子量: 21425.561 Da / 分子数: 2 / 断片: I-domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 pLysS / 参照: UniProt: P20701
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-AB8 / (1S,3R,8AS)-8-(2-{(4S,6S)-3-(4-HYDROXY-3-METHOXYBENZYL)-4-[2-(METHYLAMINO)-2-OXOETHYL]-2-OXO-1,3-OXAZINAN-6-YL}ETHYL)-3 ,7-DIMETHYL-1,2,3,7,8,8A-HEXAHYDRONAPHTHALEN-1-YL (2R)-2-METHYLBUTANOATE / LFA878 / (S)-2-METHYL-BUTYRIC ACID (1S,3R,7S,8S,8AR)-8-{2-[(4R,6R)-3-(4-HYDROXY-3-METHOXY-BENZYL)-4-METHYLCARBAMOYLMETHYL-2-OXO-[1,3]OXAZINAN-6-YL]-ETHYL}- 3,7-DIMETHYL-1,2,3,7,8,8A-HEXAHYDRO-NAPHTHALEN-1-YL ESTER


分子量: 596.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H48N2O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE RESIDUE IS TRP ACCORDING TO LARSON R.S. ET AL. [J. CELL BIOL. 108:703-712(1989)] OR LOFTUS B.J. ...THE RESIDUE IS TRP ACCORDING TO LARSON R.S. ET AL. [J. CELL BIOL. 108:703-712(1989)] OR LOFTUS B.J. ET AL. [GENOMICS 60:295-308(1999)].

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: sodium citrate, ammonium acetate, glycerol, PEG4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM1A / 波長: 0.80074 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.80074 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→8 Å / Num. all: 29635 / Num. obs: 29635 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 22.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.17 Å / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / Rsym value: 0.236 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CQP

1cqp


解像度: 2.1→8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 13.804 / SU ML: 0.382 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21276 1492 5 %RANDOM
Rwork0.19096 ---
obs0.19205 28105 98.3 %-
all-28105 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.077 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.42 Å20 Å20 Å2
2---1.72 Å20 Å2
3---1.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2936 0 88 148 3172
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0223090
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022730
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3751.9884168
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.78336390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.5663362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.03215572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2474
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023326
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02602
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.3573
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2040.32519
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1270.5155
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0730.53
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.190.311
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2460.319
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1250.59
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0771.51812
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.92222936
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.59131278
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3624.51232
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.151 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.277 85
Rwork0.233 1862

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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