ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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REFMAC | 5.1.24精密化 | DENZO | | データ削減 | SCALEPACK | | データスケーリング | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 5.247 / SU ML: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.278 / ESU R Free: 0.205 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.25162 | 205 | 9.4 % | RANDOM |
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Rwork | 0.21299 | - | - | - |
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all | 0.2168 | - | - | - |
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obs | 0.21683 | 1984 | 96.18 % | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 39.494 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 1.2 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -2.25 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 1.05 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→25 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 0 | 225 | 47 | 28 | 300 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.013 | 0.021 | 307 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg2.127 | 3 | 453 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.082 | 0.2 | 33 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.011 | 0.02 | 161 | X-RAY DIFFRACTION | r_nbd_refined0.2 | 0.2 | 74 | X-RAY DIFFRACTION | r_xyhbond_nbd_refined0.219 | 0.2 | 19 | X-RAY DIFFRACTION | r_metal_ion_refined0.128 | 0.2 | 1 | X-RAY DIFFRACTION | r_symmetry_vdw_refined0.211 | 0.2 | 84 | X-RAY DIFFRACTION | r_symmetry_hbond_refined0.19 | 0.2 | 18 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcbond_it1.939 | 1.5 | 5 | X-RAY DIFFRACTION | r_scbond_it2.28 | 3 | 298 | X-RAY DIFFRACTION | r_scangle_it2.969 | 4.5 | 453 | | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.997→2.048 Å / Total num. of bins used: 20 / | Rfactor | 反射数 |
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Rfree | 0.259 | 9 |
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Rwork | 0.193 | 116 |
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