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- PDB-1xch: MYOGLOBIN (HORSE HEART) MUTANT WITH LEU 104 REPLACED BY ASN (L104N) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xch
タイトルMYOGLOBIN (HORSE HEART) MUTANT WITH LEU 104 REPLACED BY ASN (L104N)
要素MYOGLOBIN
キーワードOXYGEN TRANSPORT / HEME / RESPIRATORY PROTEIN / MUSCLE
機能・相同性
機能・相同性情報


nitrite reductase activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / oxygen transport / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / heme binding ...nitrite reductase activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / oxygen transport / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Myoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Myoglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Maurus, R. / Brayer, G.D.
引用
ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 1997
タイトル: A myoglobin variant with a polar substitution in a conserved hydrophobic cluster in the heme binding pocket.
著者: Maurus, R. / Overall, C.M. / Bogumil, R. / Luo, Y. / Mauk, A.G. / Smith, M. / Brayer, G.D.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1994
タイトル: Structural Characterization of Heme Ligation in the His64-->Tyr Variant of Myoglobin
著者: Maurus, R. / Bogumil, R. / Luo, Y. / Tang, H.L. / Smith, M. / Mauk, A.G. / Brayer, G.D.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Ftir Analysis of the Interaction of Azide with Horse Heart Myoglobin Variants
著者: Bogumil, R. / Hunter, C.L. / Maurus, R. / Tang, H.L. / Lee, H. / Lloyd, E. / Brayer, G.D. / Smith, M. / Mauk, A.G.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1994
タイトル: Three-Dimensional Structure of Cyanomet-Sulfmyoglobin C
著者: Evans, S.V. / Sishta, B.P. / Mauk, A.G. / Brayer, G.D.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990
タイトル: High-Resolution Study of the Three-Dimensional Structure of Horse Heart Metmyoglobin
著者: Evans, S.V. / Brayer, G.D.
#5: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1988
タイトル: Horse Heart Metmyoglobin. A 2.8-A Resolution Three-Dimensional Structure Determination
著者: Evans, S.V. / Brayer, G.D.
#6: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1987
タイトル: Crystallization and Preliminary Diffraction Data for Horse Heart Metmyoglobin
著者: Sherwood, C. / Mauk, A.G. / Brayer, G.D.
履歴
登録1997年6月6日処理サイト: BNL
改定 1.01997年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MYOGLOBIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6973
ポリマ－16,9841
非ポリマー7132
水1,13563
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.566, 28.872, 35.882
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.17, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 MYOGLOBIN


分子量: 16984.459 Da / 分子数: 1 / 変異: L104N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Equus caballus (ウマ) / 器官: HEART / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): LE392 / 参照: UniProt: P68082
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.61 %
結晶化pH: 8.4
詳細: 20 MM TRIS/HCL, 1MM EDTA, PH 8.4, 8 MG/ML PROTEIN 69% AMMONIUM SULFATE
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
18 mg/mlprotein1drop
260-62 %satammonium sulfate1drop
320 mMTris-HCl1drop
41 mMEDTA1drop
568-70 %satammonium sulfate1reservoir
620 mMTris-HCl1reservoir
71 mMEDTA1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1992年2月17日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→35 Å / Num. obs: 12442 / % possible obs: 83 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.91 % / Biso Wilson estimate: 16.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 8.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
GPRLSA精密化
RIGAKUデータ削減
RIGAKUデータスケーリング
精密化解像度: 1.7→6 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rwork0.179 --
all-11726 -
obs-11725 83 %
原子変位パラメータBiso mean: 18.3 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1195 0 47 62 1304
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0140.015
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0370.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0550.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord0.1950.06
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.71.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.52.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it3.12
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it4.62
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0150.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.0130.025
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1990.2
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.1730.2
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1660.2
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor1.91.5
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor17.220
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: GPRLSA / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.179
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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