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万見
- PDB-1xcd: Dimeric bovine tissue-extracted decorin, crystal form 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xcd
タイトルDimeric bovine tissue-extracted decorin, crystal form 1
要素Decorin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / LEUCINE-RICH REPEAT / PROTEOGLYCAN
機能・相同性
機能・相同性情報


Glycosaminoglycan-protein linkage region biosynthesis / CS-GAG biosynthesis / DS-GAG biosynthesis / CS/DS degradation / ECM proteoglycans / negative regulation of collagen fibril organization / collagen fibril binding / Degradation of the extracellular matrix / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / glycosaminoglycan binding ...Glycosaminoglycan-protein linkage region biosynthesis / CS-GAG biosynthesis / DS-GAG biosynthesis / CS/DS degradation / ECM proteoglycans / negative regulation of collagen fibril organization / collagen fibril binding / Degradation of the extracellular matrix / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / glycosaminoglycan binding / negative regulation of endothelial cell migration / positive regulation of mitochondrial fission / positive regulation of mitochondrial depolarization / positive regulation of macroautophagy / negative regulation of angiogenesis / : / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Small leucine-rich proteoglycan, class I, decorin/asporin/byglycan / : / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Leucine-rich repeats, bacterial type / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine rich repeat ...Small leucine-rich proteoglycan, class I, decorin/asporin/byglycan / : / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Leucine-rich repeats, bacterial type / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Scott, P.G. / McEwan, P.A. / Dodd, C.M. / Bergmann, E.M. / Bishop, P.N. / Bella, J.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of the dimeric protein core of decorin, the archetypal small leucine-rich repeat proteoglycan
著者: Scott, P.G. / McEwan, P.A. / Dodd, C.M. / Bergmann, E.M. / Bishop, P.N. / Bella, J.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Light and X-ray scattering show decorin to be a dimer in solution
著者: Scott, P.G. / Grossmann, J.G. / Dodd, C.M. / Sheehan, J.K. / Bishop, P.N.
履歴
登録2004年9月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Decorin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2926
ポリマ－36,3841
非ポリマー9085
水2,324129
1
A: Decorin
ヘテロ分子

A: Decorin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,58312
ポリマ－72,7682
非ポリマー1,81610
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)55.380, 124.110, 129.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-500-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Decorin / Bone proteoglycan II / PG-S2


分子量: 36383.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Extracted from calf skin under denaturing conditions and refolded
由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P21793
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.75
詳細: PEG 400, Tris, beta-octyl-D-glucoside, sodium azide, pH 7.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2001年11月30日
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.31→55.9 Å / Num. obs: 20012 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 35.6 Å2 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.31→2.43 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 2875 / Rsym value: 0.212 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.31→33.14 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 1988687.57 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 1897 5 %RANDOM
Rwork0.222 ---
all0.251 20040 --
obs0.222 19940 99.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 33.7186 Å2 / ksol: 0.305406 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 42.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.95 Å20 Å20 Å2
2---3.97 Å20 Å2
3----9.98 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.27 Å0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→33.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2371 0 58 129 2558
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.91
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.441.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.442
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.232
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.392.5
LS精密化 シェル解像度: 2.31→2.45 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 319 5.1 %
Rwork0.282 5898 -
obs-5898 99.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2TMN.PARAMTMN.TOP
X-RAY DIFFRACTION3CARBOHYDRATE.PARAMCARBOHYDRATE.TOP
X-RAY DIFFRACTION4WATER_REP.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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