[日本語] English
万見
- PDB-1xc5: Solution Structure of the SMRT Deacetylase Activation Domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xc5
タイトルSolution Structure of the SMRT Deacetylase Activation Domain
要素Nuclear receptor corepressor 2
キーワードTRANSCRIPTION COREPRESSOR / four-helix structure / three-helix triangle
機能・相同性
機能・相同性情報


Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / regulation of cellular ketone metabolic process / nuclear glucocorticoid receptor binding / Notch binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / Notch-HLH transcription pathway / Regulation of MECP2 expression and activity / estrous cycle / nuclear retinoid X receptor binding ...Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / regulation of cellular ketone metabolic process / nuclear glucocorticoid receptor binding / Notch binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / Notch-HLH transcription pathway / Regulation of MECP2 expression and activity / estrous cycle / nuclear retinoid X receptor binding / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / : / lactation / transcription repressor complex / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / cerebellum development / negative regulation of miRNA transcription / SUMOylation of transcription cofactors / HDACs deacetylate histones / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / nuclear matrix / histone deacetylase binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / HCMV Early Events / Nuclear Receptor transcription pathway / transcription corepressor activity / response to estradiol / nuclear body / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / membrane / nucleus
類似検索 - 分子機能
N-CoR, GPS2-interacting domain / G-protein pathway suppressor 2-interacting domain / SANT domain profile. / SANT domain / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily ...N-CoR, GPS2-interacting domain / G-protein pathway suppressor 2-interacting domain / SANT domain profile. / SANT domain / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear receptor corepressor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / Simulated annealing protocol
データ登録者Codina, A. / Love, J.D. / Li, Y. / Lazar, M.A. / Neuhaus, D. / Schwabe, J.W.R.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2005
タイトル: Structural insights into the interaction and activation of histone deacetylase 3 by nuclear receptor corepressors
著者: Codina, A. / Love, J.D. / Li, Y. / Lazar, M.A. / Neuhaus, D. / Schwabe, J.W.R.
履歴
登録2004年9月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor corepressor 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,5791
ポリマ－8,5791
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)28 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor corepressor 2 / SMRT / N-CoR2 / Silencing mediator of retinoic acid and thyroid hormone receptor / SMRTe / Thyroid- ...SMRT / N-CoR2 / Silencing mediator of retinoic acid and thyroid hormone receptor / SMRTe / Thyroid- / retinoic-acid-receptor-associated corepressor / T3 receptor- associating factor / TRAC / CTG repeat protein 26 / SMAP270


分子量: 8578.959 Da / 分子数: 1 / 断片: Deacetylase Activation Domain (residues 410-480) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX-4T-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9Y618

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
112DQF-COSY
122DQ-correlation
1312D TOCSY
1412D NOESY
1533D 15N-separated TOCSY
1633D 15N-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using a combination of standard 2D homonuclear techniques and 3D 15N TOCSY-HSQC and 15N NOESY-HSQC

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11-2mM DAD, 50mM NaCl, 50mM phosphate buffer NA93% H2O/7% D2O
21-2mM DAD, 50mM NaCl, 50mM phosphate buffer NA100% D2O
31-2mM DAD U-15N, 50mM NaCl, 50mM phosphate buffer NA93% H2O/7% D2O
試料状態イオン強度: 0.35 M / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 290 K

-
NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8001
Bruker DMXBrukerDMX6002
Bruker DRXBrukerDRX5003

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMRBruker GmbH, Karlsruhe, Germany解析
NMRPipe02/2000Frank Delaglio Stephan Grzesiek, Guang Zhu, Geerten W. Vuister, John Pfeifer, Ad Bax解析
Sparky3.106T.D. Goddard, D.G. Knellerデータ解析
CNS1.1構造決定
CNS1.1精密化
精密化手法: Simulated annealing protocol / ソフトェア番号: 1 / 詳細: supplied with the program CNS
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 28

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る