PDB-1xc0: Twenty Lowest Energy Structures of Pa4 by Solution NMR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1xc0

タイトル

Twenty Lowest Energy Structures of Pa4 by Solution NMR

要素

Pardaxin P-4

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Bend-helix-bend-helix motif

機能・相同性

Pardaxin /

Pardaxin / other organism cell membrane / monoatomic ion transport /

toxin activity / extracellular region /

生体膜 / Pardaxin P-4

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / extended structure; random simulated annealing; molecular dynamics

データ登録者

Porcelli, F. / Buck, B. / Lee, D.-K. / Hallock, K.J. / Ramamoorthy, A. / Veglia, G.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structure and orientation of pardaxin determined by NMR experiments in model membranes
著者: Porcelli, F. / Buck, B. / Lee, D.-K. / Hallock, K.J. / Ramamoorthy, A. / Veglia, G.

履歴

登録	2004年8月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1xc0.cif.gz	207.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1xc0.ent.gz	174.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1xc0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/1xc0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/1xc0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2kjo-d 4dac-2 2ovc-d 2ajj-d 2kdr-d 2ajn-d 2ajm-d 2ajo-d 3v86-d 1t5q-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pardaxin P-4

3.33 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 350	structures with the lowest energy
代表モデル

#1: タンパク質・ペプチド	Pardaxin P-4 / Pa4 分子量: 3325.851 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: Pardaxins naturally occur in sole fish of genus Pardachirus. Pa4 was synthesized using standard 9-fluorenylmethoxycarbonyl-based solid-pahse methods with an ABI 431A peptide synthesizer. ...詳細: Pardaxins naturally occur in sole fish of genus Pardachirus. Pa4 was synthesized using standard 9-fluorenylmethoxycarbonyl-based solid-pahse methods with an ABI 431A peptide synthesizer. Crude peptide was purified by reversed-phase HPLC 参照: UniProt: P81861

#1: タンパク質・ペプチド

Pardaxin P-4 / Pa4

分子量: 3325.851 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Pardaxins naturally occur in sole fish of genus Pardachirus. Pa4 was synthesized using standard 9-fluorenylmethoxycarbonyl-based solid-pahse methods with an ABI 431A peptide synthesizer. ...
参照: UniProt: P81861

-
実験

実験

手法:

溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D TOCSY
1	2	1	2D NOESY

-
試料調製

詳細	内容: ~1.5 mg of lyophilized Pa4 in 20 mM PBS (pH 6.5),300 mM d31-DPC and 10% D2O. Sample pH was adjusted to ~4.5 with NaOH. 溶媒系: 90% water and 10% D2O
試料状態	pH: 4.5 / 温度: 303 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR	6.1	varian	collection
NMRPipe	2006	Delaglio	解析
Sparky	3.11	Goddard	データ解析
X-PLOR	3.851	Brunger	構造決定
X-PLOR	3.851	Brunger	精密化

精密化

手法: extended structure; random simulated annealing; molecular dynamics
ソフトェア番号: 1 / 詳細: 335 NOEs; 13 H-bonds

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 350 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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