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万見
- PDB-1xc0: Twenty Lowest Energy Structures of Pa4 by Solution NMR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xc0
タイトルTwenty Lowest Energy Structures of Pa4 by Solution NMR
要素Pardaxin P-4
キーワードSIGNALING PROTEIN / Bend-helix-bend-helix motif
機能・相同性Pardaxin / Pardaxin / other organism cell membrane / monoatomic ion transport / toxin activity / extracellular region / membrane / Pardaxin P-4
機能・相同性情報
手法溶液NMR / extended structure; random simulated annealing; molecular dynamics
データ登録者Porcelli, F. / Buck, B. / Lee, D.-K. / Hallock, K.J. / Ramamoorthy, A. / Veglia, G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structure and orientation of pardaxin determined by NMR experiments in model membranes
著者: Porcelli, F. / Buck, B. / Lee, D.-K. / Hallock, K.J. / Ramamoorthy, A. / Veglia, G.
履歴
登録2004年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pardaxin P-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,3261
ポリマ－3,3261
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 350structures with the lowest energy
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Pardaxin P-4 / Pa4


分子量: 3325.851 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Pardaxins naturally occur in sole fish of genus Pardachirus. Pa4 was synthesized using standard 9-fluorenylmethoxycarbonyl-based solid-pahse methods with an ABI 431A peptide synthesizer. ...詳細: Pardaxins naturally occur in sole fish of genus Pardachirus. Pa4 was synthesized using standard 9-fluorenylmethoxycarbonyl-based solid-pahse methods with an ABI 431A peptide synthesizer. Crude peptide was purified by reversed-phase HPLC
参照: UniProt: P81861

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D TOCSY
1212D NOESY

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試料調製

詳細内容: ~1.5 mg of lyophilized Pa4 in 20 mM PBS (pH 6.5),300 mM d31-DPC and 10% D2O. Sample pH was adjusted to ~4.5 with NaOH.
溶媒系: 90% water and 10% D2O
試料状態pH: 4.5 / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1variancollection
NMRPipe2006Delaglio解析
Sparky3.11Goddardデータ解析
X-PLOR3.851Brunger構造決定
X-PLOR3.851Brunger精密化
精密化手法: extended structure; random simulated annealing; molecular dynamics
ソフトェア番号: 1 / 詳細: 335 NOEs; 13 H-bonds
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 350 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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