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- PDB-1xbn: Crystal structure of a bacterial nitric oxide sensor: an ortholog... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xbn
タイトルCrystal structure of a bacterial nitric oxide sensor: an ortholog of mammalian soluble guanylate cyclase heme domain
要素Methyl-accepting chemotaxis protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / SOLUBLE GUANYLYL CYCLASE / NITRIC OXIDE / HEME PROTEIN / CGMP
機能・相同性
機能・相同性情報


heme binding / signal transduction / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
H-NOX domain / H-NOX domain / Heme NO-binding / H-NOX domain superfamily / Haem-NO-binding / NO signalling/Golgi transport ligand-binding domain superfamily / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). ...H-NOX domain / H-NOX domain / Heme NO-binding / H-NOX domain superfamily / Haem-NO-binding / NO signalling/Golgi transport ligand-binding domain superfamily / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OXYGEN MOLECULE / Methyl-accepting chemotaxis protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoanaerobacter tengcongensis MB4 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Nioche, P. / Raman, C.S.
引用ジャーナル: Science / 年: 2004
タイトル: Femtomolar sensitivity of a NO sensor from Clostridium botulinum
著者: Nioche, P. / Berka, V. / Vipond, J. / Minton, N. / Tsai, A.-L. / Raman, C.S.
履歴
登録2004年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyl-accepting chemotaxis protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5053
ポリマ－22,8561
非ポリマー6482
水19811
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)120.607, 120.607, 120.607
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number208
Space group name H-MP4232

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要素

#1: タンパク質 Methyl-accepting chemotaxis protein


分子量: 22856.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoanaerobacter tengcongensis MB4 (バクテリア)
生物種: Thermoanaerobacter tengcongensis / 株: MB4T / 遺伝子: Tar4 / プラスミド: pET24d / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8RBX6
#2: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシラジカル


分子量: 31.999 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: MPD, cacodylate, pH 6, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.7403,1.7379,1.6241,1.1159
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月3日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.74031
21.73791
31.62411
41.11591
反射解像度: 2.5→85 Å / Num. all: 10884 / Num. obs: 10884 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 87 Å2 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 41
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.67 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→84.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 12.616 / SU ML: 0.266 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.433 / ESU R Free: 0.294
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. BUSTER-TNT (AUTHOR: G.BRICOGNE) WAS ALSO USED IN THE REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29147 523 4.8 %RANDOM
Rwork0.2634 ---
all0.2647 10841 --
obs0.26471 10318 99.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.135 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→84.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1609 0 45 11 1665
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0231643
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0011500
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9912229
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8713472
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.87194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.121230
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0211807
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.007345
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.331522
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2921971
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1051036
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.28362
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2562
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.16712
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.29434
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0564
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.573970
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8111558
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.885673
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.833671
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
110.72110.0056-0.00124.58390.74314.0555-0.0562-0.87720.45911.90360.3065-0.9605-0.23190.2567-0.25040.95960.145-0.22830.76860.07350.504687.18956.55425.726
29.6450.8632-1.1963.18091.0122.28310.0179-0.9599-0.18140.95290.15130.39710.05490.0673-0.16920.22060.1210.03250.37680.20390.116469.44454.3514.84
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 95
2X-RAY DIFFRACTION2A96 - 195

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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