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- PDB-1xbi: High resolution structure of Methanocaldococcus jannaschii L7AE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xbi
タイトルHigh resolution structure of Methanocaldococcus jannaschii L7AE
要素50S ribosomal protein L7Ae
キーワードRNA BINDING PROTEIN/STRUCTURAL PROTEIN / ALPHA-BETA-ALPHA SANDWICH FOLD / RNA BINDING PROTEIN-STRUCTURAL PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


box C/D sno(s)RNA binding / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / box C/D methylation guide snoRNP complex / box C/D snoRNP assembly / maturation of LSU-rRNA / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / mRNA splicing, via spliceosome / cytosolic large ribosomal subunit ...box C/D sno(s)RNA binding / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / box C/D methylation guide snoRNP complex / box C/D snoRNP assembly / maturation of LSU-rRNA / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / mRNA splicing, via spliceosome / cytosolic large ribosomal subunit / rRNA binding / structural constituent of ribosome / translation
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L7Ae, archaea / Ribosomal protein L30/S12 / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Ribosomal protein L7Ae conserved site / Ribosomal protein L7Ae signature. / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein eL8
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Brown II, B.A. / Suryadi, J. / Lieberman, D.V. / Tran, E.J. / Maxwell, E.S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: The Crystal Structure of the Methanocaldococcus jannaschii Multifunctional L7Ae RNA-Binding Protein Reveals an Induced-Fit Interaction with the Box C/D RNAs.
著者: Suryadi, J. / Tran, E.J. / Maxwell, E.S. / Brown II, B.A.
履歴
登録2004年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 50S ribosomal protein L7Ae
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2242
ポリマ－12,9861
非ポリマー2381
水3,117173
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.665, 48.869, 51.914
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L7Ae


分子量: 12986.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: RPL7AE, MJ1203 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS (NOVAGEN) / 参照: UniProt: P54066
#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.41 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 3350, 50mM HEPES, 10% isopropanol, 5% ethylene glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月11日
放射モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.44→27.58 Å / Num. all: 21176 / Num. obs: 19412 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 19.8 Å2 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 31.5044
反射 シェル解像度: 1.44→1.488 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.195 / Num. unique all: 1249 / Rsym value: 0.839 / % possible all: 70.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0001精密化
MADNESSデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RA4

1ra4


解像度: 1.45→27.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 2.524 / SU ML: 0.045 / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.072 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19296 962 5 %RANDOM
Rwork0.13225 ---
all0.184 22372 --
obs0.13533 18451 95.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.082 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2--0.15 Å20 Å2
3----0.13 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.18 Å0.15 Å
Luzzati d res low-1.44 Å
Luzzati sigma a0.14 Å0.09 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→27.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数958 0 15 173 1146
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0630.022983
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02968
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg4.592.0061326
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.2432291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5125117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.25627.38142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.04615208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg34.465152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2730.2160
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.020.021020
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02146
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2910.2203
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2320.2963
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1240.2694
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2850.295
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3820.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3680.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.4650.226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.1851.5747
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5031.5240
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.5862978
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.9743431
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it11.5914.5348
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.22132189
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free22.3685173
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.00951941
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.488 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.247 57
Rwork0.131 1249
obs-1249

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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