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- PDB-1x9g: PUTATIVE MAR1 RIBONUCLEASE FROM LEISHMANIA DONOVANI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1x9g
タイトルPUTATIVE MAR1 RIBONUCLEASE FROM LEISHMANIA DONOVANI
要素PUTATIVE MAR1
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Protein structure initiative / SGPP / PSI / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium
機能・相同性: / Isochorismatase-like / Isochorismatase-like / Isochorismatase-like superfamily / Isochorismatase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Isochorismatase family protein
機能・相同性情報
生物種Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Caruthers, J. / Merritt, E.A. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2005
タイトル: Crystal structures and proposed structural/functional classification of three protozoan proteins from the isochorismatase superfamily.
著者: Caruthers, J. / Zucker, F. / Worthey, E. / Myler, P.J. / Buckner, F. / Van Voorhuis, W. / Mehlin, C. / Boni, E. / Feist, T. / Luft, J. / Gulde, S. / Lauricella, A. / Kaluzhniy, O. / Anderson, ...著者: Caruthers, J. / Zucker, F. / Worthey, E. / Myler, P.J. / Buckner, F. / Van Voorhuis, W. / Mehlin, C. / Boni, E. / Feist, T. / Luft, J. / Gulde, S. / Lauricella, A. / Kaluzhniy, O. / Anderson, L. / Le Trong, I. / Holmes, M.A. / Earnest, T. / Soltis, M. / Hodgson, K.O. / Hol, W.G. / Merritt, E.A.
履歴
登録2004年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32012年10月24日Group: Database references
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999SEQUENCE This protein is a putative homologue of the MAR1 endoribonuclease from L tarentolae, SPTR ...SEQUENCE This protein is a putative homologue of the MAR1 endoribonuclease from L tarentolae, SPTR O77166. The closest Genbank sequence is the homologous protein from L Major, Genbank identifier LmjF12.0060

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE MAR1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7021
ポリマ－22,7021
非ポリマー00
水00
1
A: PUTATIVE MAR1

A: PUTATIVE MAR1

A: PUTATIVE MAR1

A: PUTATIVE MAR1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,8064
ポリマ－90,8064
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation21_555z,y,-x1
crystal symmetry operation23_555-z,y,x1
Buried area7770 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area31400 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)147.438, 147.438, 147.438
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number211
Space group name H-MI432

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要素

#1: タンパク質 PUTATIVE MAR1


分子量: 22701.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
Plasmid details: SGPP target construct Ldon001686AAA / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0VWV0*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.18 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.7
詳細: 0.5 ul protein 10 mg/ml, 5% DMSO, 2.5% glycerol, 250 mM NaCl, 10mM HEPES pH 7.5 0.5 ul crystallization buffer 18% PEG 1000, 50 mM MES pH 5.6, 50 mM K3PO4, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.919791 / 波長: 0.9794, 0.9793, 0.8919
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月27日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9197911
20.97941
30.97931
40.89191
反射解像度: 2.4→39.4 Å / Num. all: 20110 / Num. obs: 10935 / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 20.8 % / Rmerge(I) obs: 0.075
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.4-2.4720.60.9181100
2.47-2.55210.9141100
2.55-2.6421.30.6471100
2.64-2.7521.40.4551100
2.75-2.8721.50.3131100
2.87-3.0221.40.2261100
3.02-3.2121.30.1541100
3.21-3.4621.10.1021100
3.46-3.8120.90.084199.9
3.81-4.3620.30.065199.8
4.36-5.4919.40.047199.7
5.49-50190.033198.4

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
3
Phasing MADD res high: 3.002 Å / D res low: 26.726 Å / FOM : 0.68 / 反射: 5648
Phasing MAD set
Clust-IDExpt-IDSet-ID波長 (Å)F double prime refinedF prime refined
1110.97943.24-10.38
1120.97933.3-3.13
1130.89196.02-5.17
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM 反射
10.37-26.7260.7322
6.7-10.370.74491
5.28-6.70.72597
4.49-5.280.71704
3.98-4.490.69779
3.61-3.980.7849
3.32-3.610.65919
3.1-3.320.59987
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
6.96-10051.40.814502
5.46-6.9657.90.802505
4.74-5.4639.50.798506
4.29-4.74340.792504
3.97-4.2944.60.64508
3.72-3.9735.20.692513
3.52-3.7229.30.749507
3.37-3.5224.60.719503
3.23-3.3723.30.679505
3.12-3.2322.20.6503
3-3.1225.40.508580

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
CNS1.1精密化
SOLVE2.06位相決定
直接法4.2位相決定
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.41→39.406 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 23.98 / SU ML: 0.241 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.389 / ESU R Free: 0.282 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27567 980 9.5 %RANDOM
Rwork0.22468 ---
obs0.22969 9326 94.07 %-
all-20135 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 63.738 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.61 Å0.46 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.6 Å0.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.41→39.406 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1517 0 0 0 1517
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0221547
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.971.9872092
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5575191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.72724.60363
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.36115292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.481158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1510.2243
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021131
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2430.2668
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.21031
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.180.246
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1970.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.130.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9361.51002
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.58221573
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2513616
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4644.5519
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.406→2.468 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 67 -
Rwork0.274 598 -
obs--85.7 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -22.7464 Å / Origin y: -53.9917 Å / Origin z: -2.3303 Å
111213212223313233
T-0.2246 Å20.0039 Å2-0.0321 Å2-0.2455 Å2-0.1641 Å2---0.0582 Å2
L1.3093 °2-0.1223 °2-0.3346 °2-0.8874 °2-0.224 °2--1.344 °2
S0.1847 Å °0.0408 Å °-0.0204 Å °-0.075 Å °-0.2934 Å °0.1901 Å °0.005 Å °-0.2356 Å °0.1086 Å °
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2carbohydrate.paramcarbohydrate.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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