[日本語] English
万見
- PDB-1x9f: Hemoglobin Dodecamer from Lumbricus Erythrocruorin -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1x9f
タイトルHemoglobin Dodecamer from Lumbricus Erythrocruorin
要素
  • Globin II, extracellularグロビン
  • Globin III, extracellularグロビン
  • Globin IV, extracellularグロビン
  • hemoglobin chain d1
キーワードOXYGEN STORAGE/TRANSPORT / Crystal (結晶) / Dodecamer / Allosteric (アロステリック効果) / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


hemoglobin complex / oxygen carrier activity / oxygen binding / iron ion binding / heme binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Globin, extracellular / エリスロクルオリン / Myoglobin-like, M family globin domain / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / グロビン / グロビン / Globin-like superfamily ...Globin, extracellular / エリスロクルオリン / Myoglobin-like, M family globin domain / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / グロビン / グロビン / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
一酸化炭素 / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / リン酸塩 / Extracellular globin / Extracellular globin-2 / Extracellular globin-3 / Extracellular globin-4
類似検索 - 構成要素
生物種Lumbricus terrestris (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Strand, K. / Knapp, J.E. / Bhyravbhatla, B. / Royer Jr., W.E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of the hemoglobin dodecamer from lumbricus erythrocruorin: allosteric core of giant annelid respiratory complexes
著者: Strand, K. / Knapp, J.E. / Bhyravbhatla, B. / Royer Jr., W.E.
履歴
登録2004年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.52024年4月3日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Globin IV, extracellular
B: Globin II, extracellular
C: Globin III, extracellular
D: hemoglobin chain d1
E: Globin IV, extracellular
F: Globin II, extracellular
G: Globin III, extracellular
H: hemoglobin chain d1
I: Globin IV, extracellular
J: Globin II, extracellular
K: Globin III, extracellular
L: hemoglobin chain d1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,48539
ポリマ－201,46612
非ポリマー8,01927
水4,756264
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area45090 Å2
ΔGint-404 kcal/mol
Surface area66890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.225, 172.071, 202.886
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MC2221

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 12分子 AEIBFJCGKDHL

#1: タンパク質 Globin IV, extracellular / グロビン / Erythrocruorin / Globin A


分子量: 17566.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lumbricus terrestris (無脊椎動物) / 器官: blood血液 / 参照: UniProt: P13579
#2: タンパク質 Globin II, extracellular / グロビン / Erythrocruorin / Globin AIII / Globin B


分子量: 16268.229 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lumbricus terrestris (無脊椎動物) / 器官: blood血液 / 参照: UniProt: P02218
#3: タンパク質 Globin III, extracellular / グロビン / Erythrocruorin / Globin C


分子量: 17331.793 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lumbricus terrestris (無脊椎動物) / 器官: blood血液 / 参照: UniProt: P11069
#4: タンパク質 hemoglobin chain d1


分子量: 15988.263 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lumbricus terrestris (無脊椎動物) / 器官: blood血液 / 参照: UniProt: O61233

-
非ポリマー , 4種, 291分子

#5: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#6: 化合物
ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE / カルボニル / 一酸化炭素


分子量: 28.010 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO
#7: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.6 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 2.8M Na phosphate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281.0K

-
データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
21
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU RU200H11.5418
シンクロトロンAPS 14-BM-C21
検出器
タイプID検出器
RIGAKU RAXIS IIC1IMAGE PLATE
ADSC QUANTUM 42CCD
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Yale MirrorsSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Beamline opticsSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
211
反射解像度: 2.6→105.41 Å / Num. all: 74920 / Num. obs: 74920 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2精密化
CNS精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3.8 Structure of the whole molecule

解像度: 2.6→105.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 9.526 / SU ML: 0.204 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.524 / ESU R Free: 0.329 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24615 3337 5 %RANDOM
Rwork0.21316 ---
all0.21481 74920 --
obs0.21481 63085 88.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.318 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.45 Å20 Å20 Å2
2---0.87 Å20 Å2
3---2.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→105.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14028 0 555 264 14847
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02114987
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8751.98320434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.23651731
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.02723.417720
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.11152481
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.06615111
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.22121
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211538
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2970.28104
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.210257
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1310.2529
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2010.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2870.271
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2010.211
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 255 -
Rwork0.306 4470 -
obs-4470 86.63 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る