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- PDB-1x8w: Structure of the Tetrahymena Ribozyme: Base Triple Sandwich and M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1x8w
タイトルStructure of the Tetrahymena Ribozyme: Base Triple Sandwich and Metal Ion at the Active Site
要素Tetrahymena ribozyme RNA
キーワードRNA / Catalytic RNA / ribozyme / group I intron / guanosine binding site / metal ions / active site / catalytic mechanism / base triples / conformational changes
機能・相同性RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Guo, F. / Gooding, A.R. / Cech, T.R.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2004
タイトル: Structure of the Tetrahymena ribozyme: base triple sandwich and metal ion at the active site.
著者: Guo, F. / Gooding, A.R. / Cech, T.R.
履歴
登録2004年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tetrahymena ribozyme RNA
B: Tetrahymena ribozyme RNA
C: Tetrahymena ribozyme RNA
D: Tetrahymena ribozyme RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)320,78942
ポリマ－319,8664
非ポリマー92438
水00
1
A: Tetrahymena ribozyme RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,20911
ポリマ－79,9661
非ポリマー24310
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tetrahymena ribozyme RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,18510
ポリマ－79,9661
非ポリマー2199
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Tetrahymena ribozyme RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,18510
ポリマ－79,9661
非ポリマー2199
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Tetrahymena ribozyme RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,20911
ポリマ－79,9661
非ポリマー24310
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)175.400, 175.400, 304.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: RNA鎖
Tetrahymena ribozyme RNA


分子量: 79966.438 Da / 分子数: 4 / 変異: A210G, U259A, A269G, U277C, A304G / 由来タイプ: 合成
詳細: RNA WAS PREPARED BY IN VITRO TRANSCRIPTION. The sequence of this RNA can be found naturally in TETRAHYMENA THERMOPHILA.
#2: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 9.5% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 25 mM K cacodylate pH 6.0, 25 mM KCl, 5mM NaCl, 17.5 mM MgCl2 and 0.25 mM spermine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2cacodylate11
3KCl11
4NaCl11
5MgCl211
6spermine11
7H2O11
8cacodylate12
9KCl12
10NaCl12
11MgCl212
12H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月30日 / 詳細: Double crystal, Si(111)
放射モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→20 Å / Num. all: 43985 / Num. obs: 43972 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(F): 0.01 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 24
反射 シェル解像度: 3.8→3.97 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.255 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 4429 / % possible all: 76.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 3.8→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: experimental phase probability distribution is used in the maximum likehood target
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.32 3102 Random
Rwork0.263 --
all0.267 43985 -
obs0.267 43972 -
原子変位パラメータBiso mean: 122 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.81 Å0.63 Å
Luzzati d res low-20 Å
Luzzati sigma a0.67 Å0.51 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 20754 38 0 20792
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.59
LS精密化 シェル解像度: 3.8→3.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.022
Rfactor反射数%反射
Rfree0.391 315 -
Rwork0.345 --
obs--72.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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