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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1x8w | ||||||
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タイトル | Structure of the Tetrahymena Ribozyme: Base Triple Sandwich and Metal Ion at the Active Site | ||||||
![]() | Tetrahymena ribozyme RNA | ||||||
![]() | RNA / Catalytic RNA / ribozyme / group I intron / guanosine binding site / metal ions / active site / catalytic mechanism / base triples / conformational changes | ||||||
機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Guo, F. / Gooding, A.R. / Cech, T.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the Tetrahymena ribozyme: base triple sandwich and metal ion at the active site. 著者: Guo, F. / Gooding, A.R. / Cech, T.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 464 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 358.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 79966.438 Da / 分子数: 4 / 変異: A210G, U259A, A269G, U277C, A304G / 由来タイプ: 合成 詳細: RNA WAS PREPARED BY IN VITRO TRANSCRIPTION. The sequence of this RNA can be found naturally in TETRAHYMENA THERMOPHILA. #2: 化合物 | ChemComp-MG / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 9.5% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), 25 mM K cacodylate pH 6.0, 25 mM KCl, 5mM NaCl, 17.5 mM MgCl2 and 0.25 mM spermine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月30日 / 詳細: Double crystal, Si(111) |
放射 | モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.8→20 Å / Num. all: 43985 / Num. obs: 43972 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(F): 0.01 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 24 |
反射 シェル | 解像度: 3.8→3.97 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.255 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 4429 / % possible all: 76.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: experimental phase probability distribution is used in the maximum likehood target
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原子変位パラメータ | Biso mean: 122 Å2 | ||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.8→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.8→3.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.022
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