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万見
- PDB-1x8f: Crystal Structure Of apo-Kdo8P Synthase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1x8f
タイトルCrystal Structure Of apo-Kdo8P Synthase
要素2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
キーワードTRANSFERASE / BETA-ALPHA-BARRELS / LYASE / LIPOPOLYSACCHARIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase activity / keto-3-deoxy-D-manno-octulosonic acid biosynthetic process / protein-containing complex / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / DAHP synthetase I/KDSA / DAHP synthetase I family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Vainer, R. / Belakhov, V. / Rabkin, E. / Baasov, T. / Adir, N.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Crystal Structures of Escherichia coli KDO8P Synthase Complexes Reveal the Source of Catalytic Irreversibility
著者: Vainer, R. / Belakhov, V. / Rabkin, E. / Baasov, T. / Adir, N.
履歴
登録2004年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8711
ポリマ－30,8711
非ポリマー00
水82946
1
A: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase

A: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase

A: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase

A: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,4834
ポリマ－123,4834
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_657-x+1,y,-z+21
crystal symmetry operation4_567x,-y+1,-z+21
Buried area13540 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area38910 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)118.681, 118.681, 118.681
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number197
Space group name H-MI23
詳細The biological assembly is a tetramer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: X,Y,Z -X,-Y,Z -X,Y,-Z X,-Y,-Z Z,X,Y Z,-X,-Y -Z,-X,Y -Z,X,-Y Y,Z,X -Y,Z,-X Y,-Z,-X -Y,-Z,X 1/2+X,1/2+Y,1/2+Z 1/2-X,1/2-Y,1/2+Z 1/2-X,1/2+Y,1/2-Z 1/2+X,1/2-Y,1/2-Z 1/2+Z,1/2+X,1/2+Y 1/2+Z,1/2-X,1/2-Y 1/2-Z,1/2-X,1/2+Y 1/2-Z,1/2+X,1/2-Y 1/2+Y,1/2+Z,1/2+X 1/2-Y,1/2+Z,1/2-X 1/2+Y,1/2-Z,1/2-X 1/2-Y,1/2-Z,1/2+X

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要素

#1: タンパク質 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase / Phospho-2-dehydro-3-deoxyoctonate aldolase / 3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8-phosphate ...Phospho-2-dehydro-3-deoxyoctonate aldolase / 3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8-phosphate synthetase / KDO-8-phosphate synthetase / KDO 8-P synthase / KDOPS


分子量: 30870.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: kdsA / プラスミド: pJU1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha
参照: UniProt: P0A715, 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG4000, tris-HCl, glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 10401 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.45 / Num. unique all: 647 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1PHW

1phw


解像度: 2.4→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.255 940 random
Rwork0.239 --
all0.243 9001 -
obs0.239 8061 -
原子変位パラメータBiso mean: 72 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.39 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.5 Å0.44 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2082 0 0 46 2128
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0105
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.62
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.45

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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