PDB-1x7k: PV5 nmr solution structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1x7k

タイトル

PV5 nmr solution structure

要素

Polyphemusin I

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / PV5 / POLYPHEMUSIN VARIANT / BETA HAIRPIN / DISULFIDE BRIDGE / ANTIMICROBIAL PEPTIDE

機能・相同性

defense response to bacterium / extracellular region / Polyphemusin-1

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY WITH SIMULATED ANNEALING

データ登録者

Powers, J.P. / Tan, A. / Ramamoorthy, A. / Hancock, R.E.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Solution structure and interaction of the antimicrobial polyphemusins with lipid membranes
著者: Powers, J.P. / Tan, A. / Ramamoorthy, A. / Hancock, R.E.

履歴

登録	2004年8月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年7月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1x7k.cif.gz	108.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1x7k.ent.gz	75.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1x7k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1x7k_validation.pdf.gz	341 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1x7k_full_validation.pdf.gz	425.4 KB	表示
XML形式データ	1x7k_validation.xml.gz	8.5 KB	表示
CIF形式データ	1x7k_validation.cif.gz	12.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/1x7k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/1x7k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2b5kC 1rkk C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1byy-d 1b4i-d 4cz3-d 6cfb-d 5zjl-1 1a3p-d 2kpb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Polyphemusin I

2.62 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	16 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質・ペプチド	Polyphemusin I / PV5 分子量: 2623.210 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: THE PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED USING FMOC SOLID STATE SYNTHESIS. THE SEQUENCE OF THE PEPTIDE IS NATURALLY FOUND IN Limulus polyphemus (Atlantic horseshoe crab). 参照: UniProt: P14215
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	2D TOCSY
1	3	1	DQF-COSY

NMR実験の詳細

Text: THIS STRUCTURE WAS DETERMINED USING STANDARD 2D HOMONUCLEAR TECHNIQUES.

-
試料調製

詳細	内容: 2 MM PV5
試料状態	イオン強度: NO SALT / pH: 3.8 / 圧: AMBIENT / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian UNITY / 製造業者: Varian / モデル: UNITY / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XPLOR-NIH	2.9.0	SCHWIETERS,KUSZEWSKI,TJANDRA,CLORE	精密化
NMRView	5.0.3		データ解析

精密化

手法: DISTANCE GEOMETRY WITH SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 16

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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