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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1x71 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Siderocalin (NGAL, Lipocalin 2) complexed with TRENCAM-3,2-HOPO, a cepabactin analogue | ||||||
![]() | Neutrophil gelatinase-associated lipocalin | ||||||
![]() | ANTIMICROBIAL PROTEIN / lipocalin / siderophore | ||||||
機能・相同性 | ![]() siderophore transport / Metal sequestration by antimicrobial proteins / iron ion sequestering activity / enterobactin binding / Iron uptake and transport / specific granule lumen / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to bacterium / iron ion binding ...siderophore transport / Metal sequestration by antimicrobial proteins / iron ion sequestering activity / enterobactin binding / Iron uptake and transport / specific granule lumen / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to bacterium / iron ion binding / innate immune response / apoptotic process / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Holmes, M.A. / Paulsene, W. / Jide, X. / Ratledge, C. / Strong, R.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Siderocalin (Lcn 2) Also Binds Carboxymycobactins, Potentially Defending against Mycobacterial Infections through Iron Sequestration 著者: Holmes, M.A. / Paulsene, W. / Jide, X. / Ratledge, C. / Strong, R.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 117.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 91.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 398.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 409.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological assembly is a monomer. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20556.438 Da / 分子数: 3 / 変異: C87S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-DB1 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.04 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: ammonium sulfate, sodium chloride, acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 2002年9月19日 |
放射 | モノクロメーター: single crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 45105 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 10.1 % / Biso Wilson estimate: 35.9 Å2 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 11.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.14 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 2141 / Rsym value: 0.399 / % possible all: 93 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: Used previously-determined structure 開始モデル: Previously-determined structure 解像度: 2.1→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 38.3 Å2 | ||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.17 Å
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