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- PDB-1x6v: The crystal structure of human 3'-phosphoadenosine-5'-phosphosulf... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1x6v
タイトルThe crystal structure of human 3'-phosphoadenosine-5'-phosphosulfate synthetase 1
要素Bifunctional 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate synthetase 1
キーワードTRANSFERASE / ATP sulfurylase / APS kinase / PAPS / phosphoadenosine phosphosulfate
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate biosynthetic process / Transport and synthesis of PAPS / adenylyl-sulfate kinase / sulfate adenylyltransferase / adenylylsulfate kinase activity / sulfate adenylyltransferase (ATP) activity / Metabolism of ingested H2SeO4 and H2SeO3 into H2Se / sulfate assimilation / nucleotidyltransferase activity / skeletal system development ...3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate biosynthetic process / Transport and synthesis of PAPS / adenylyl-sulfate kinase / sulfate adenylyltransferase / adenylylsulfate kinase activity / sulfate adenylyltransferase (ATP) activity / Metabolism of ingested H2SeO4 and H2SeO3 into H2Se / sulfate assimilation / nucleotidyltransferase activity / skeletal system development / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / protein homodimerization activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sulfate adenylyltransferase / Sulfate adenylyltransferase / Sulphate adenylyltransferase / Sulphate adenylyltransferase catalytic domain / ATP-sulfurylase PUA-like domain / ATP-sulfurylase / PUA-like domain / Adenylyl-sulfate kinase / Adenylylsulphate kinase / PUA-like superfamily ...Sulfate adenylyltransferase / Sulfate adenylyltransferase / Sulphate adenylyltransferase / Sulphate adenylyltransferase catalytic domain / ATP-sulfurylase PUA-like domain / ATP-sulfurylase / PUA-like domain / Adenylyl-sulfate kinase / Adenylylsulphate kinase / PUA-like superfamily / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Roll / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Bifunctional 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / MOLECULAR REPLACEMENT WITH INITIAL MERCURY PHASES / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Harjes, S. / Bayer, P. / Scheidig, A.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: The Crystal Structure of Human PAPS Synthetase 1 Reveals Asymmetry in Substrate Binding
著者: Harjes, S. / Bayer, P. / Scheidig, A.J.
履歴
登録2004年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32013年3月6日Group: Advisory / Other
改定 1.42017年10月11日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / software
Item: _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 ..._pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _software.name
改定 1.52023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Bifunctional 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate synthetase 1
A: Bifunctional 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate synthetase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,8965
ポリマ－143,3982
非ポリマー4983
水19,6541091
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6940 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area48770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.210, 82.550, 133.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Bifunctional 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate synthetase 1 / PAPS synthetase 1 / PAPSS 1 / Sulfurylase kinase 1 / SK1 / SK 1


分子量: 71698.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: [Includes: Sulfate adenylyltransferase (synonym: Sulfate adenylate transferase, SAT, ATP-sulfurylase); Adenylyl-sulfate kinase (synonym: Adenylylsulfate 3'-phosphotransferase, APS kinase, ...詳細: [Includes: Sulfate adenylyltransferase (synonym: Sulfate adenylate transferase, SAT, ATP-sulfurylase); Adenylyl-sulfate kinase (synonym: Adenylylsulfate 3'-phosphotransferase, APS kinase, Adenosine-5'-phosphosulfate 3'-phosphotransferase, 3'- phosphoadenosine-5'-phosphosulfate synthetase)]
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PAPSS1, PAPSS, ATPSK1 / プラスミド: pET27bmod / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: O43252, sulfate adenylyltransferase, adenylyl-sulfate kinase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1091 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化温度: 285 K / pH: 5.6
詳細: 91 mM sodium Citrate, 270 mM ammonium acetate, 12% PEG 4000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→30 Å / Num. obs: 159267 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 1.75→1.85 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.58 / % possible all: 88

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
X-GENデータ削減
XDSデータスケーリング
XFITデータ削減
精密化構造決定の手法: MOLECULAR REPLACEMENT WITH INITIAL MERCURY PHASES
開始モデル: PDB ENTRIES 1G8F, 1D6J

1g8f

1d6j


解像度: 1.75→129.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 2.311 / SU ML: 0.07 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.089 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19811 8203 5 %RANDOM
Rwork0.1663 ---
obs0.16789 156571 99.69 %-
all-165305 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.273 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.41 Å20 Å20.24 Å2
2--1.4 Å20 Å2
3----0.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→129.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9192 0 29 1091 10312
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0219456
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.028508
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8051.95412811
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.48319822
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.91351145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.21376
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0210479
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0140.021925
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2290.21908
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.260.29773
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.25291
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2270.2806
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2720.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2990.276
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2240.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2271.55727
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.16329243
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0733729
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9324.53567
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.324 591
Rwork0.297 11126
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.44790.31750.00170.3927-0.02590.0850.00840.0022-0.01090.00910.0105-0.01450.01590.0119-0.0190.07940.02180.00830.0133-0.01060.023426.131552.344963.4645
20.16640.0672-0.05150.1191-0.03090.0680.00870.0251-0.00590.0041-0.020.00110.00180.00070.01120.0322-0.0073-0.00840.0439-0.00550.036225.835530.090421.241
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AB34 - 22534 - 225
2X-RAY DIFFRACTION1BA34 - 22534 - 225
3X-RAY DIFFRACTION2AB234 - 624234 - 624
4X-RAY DIFFRACTION2BA234 - 623234 - 623

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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