PDB-1x52: Solution structures of the C-terminal domain of the human Pelota ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1x52

タイトル

Solution structures of the C-terminal domain of the human Pelota homolog (CGI-17)

要素

Pelota homolog

キーワード

PROTEIN BINDING / eRF1_3 domain / PELO / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside-triphosphatase regulator activity / stalled ribosome sensor activity / RNA surveillance / Dom34-Hbs1 complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, no-go decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / mesenchymal to epithelial transition / endoderm development / positive regulation of BMP signaling pathway / ribosome disassembly ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics, restrained molecular dynamics

データ登録者

Nameki, N. / Sato, M. / Tochio, N. / Koshiba, S. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structures of the C-terminal domain of the human Pelota homolog (CGI-17)
著者: Nameki, N. / Sato, M. / Tochio, N. / Koshiba, S. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2005年5月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1x52.cif.gz	725.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1x52.ent.gz	607.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1x52.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1x52_validation.pdf.gz	355.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1x52_full_validation.pdf.gz	475.2 KB	表示
XML形式データ	1x52_validation.xml.gz	34.5 KB	表示
CIF形式データ	1x52_validation.cif.gz	61.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/1x52 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/1x52	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6opb-8 3vtu-d 6opb-6 5loz-d 5m1x-4 4l1u-3 5dpt-2 5ioi-1 5d3y-2 6p2e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: hsi002005867.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pelota homolog

13.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function, structures with the lowest energy, structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Pelota homolog / CGI-17 分子量: 13358.957 Da / 分子数: 1 / 断片: erf1_3 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Cell-free protein synthesis / 遺伝子: PELO / プラスミド: P040830-12 / 参照: UniProt: Q9BRX2

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1.3mM eRF1_3 domain; 20mM d-Tris-HCl; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 120mM / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 296 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 900 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	3.5	Bruker	collection
NMRPipe	20020425	Delaglio, F.	解析
NMRView	5.0.4	Johnson, B.A.	データ解析
KUJIRA	0.9295	Kobayashi, N.	データ解析
CYANA	1.0.7	Guntert, P.	構造決定
OPALp	1.2	Koradi, R., Billeter, M., Guntert, P.	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics, restrained molecular dynamics
ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function, structures with the lowest energy, structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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