PDB-1x4q: Solution structure of PWI domain in U4/U6 small nuclear ribonucle...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1x4q

タイトル

Solution structure of PWI domain in U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3(hPrp3)

要素

U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / PWI domain / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA splicing, via transesterification reactions / U2-type precatalytic spliceosome / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / Cajal body / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA processing ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

He, F. / Muto, Y. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Shirouzu, M. / Terada, T. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of PWI domain in U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3(hPrp3)
著者: He, F. / Muto, Y. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Shirouzu, M. / Terada, T. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2005年5月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年11月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

Remark 650

HELIX Determination method: author determined

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1x4q.cif.gz	539.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1x4q.ent.gz	451.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1x4q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1x4q_validation.pdf.gz	343.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1x4q_full_validation.pdf.gz	483.8 KB	表示
XML形式データ	1x4q_validation.xml.gz	33 KB	表示
CIF形式データ	1x4q_validation.cif.gz	51.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/1x4q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/1x4q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2e7p-2 5an3-2 7afq-d 3rdw-2 1ovv-2 3n90-d 4wwr-3 6dg6-2 4i2u-d 6mo7-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: hss001001509

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3

9.91 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function, structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3 / Pre-mRNA splicing factor 3 / U4/U6 snRNP 90 kDa protein / hPrp3 分子量: 9911.252 Da / 分子数: 1 / 断片: PWI domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Cell free protein synthesis / 遺伝子: PRPF3, HPRP3, PRP3 / プラスミド: P040329-14 / 参照: UniProt: O43395

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 0.8mM U-15, 13C; 20mM phosphate buffer NA; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O,10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 120mM / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	2.6	Bruker	collection
NMRPipe	20031121	Delaglio,F.	解析
NMRView	5.0.4	Johnson,B.A.	データ解析
KUJIRA	0.863	Kobayashi,N.	データ解析
CYANA	2.0.29	Guntert,P.	構造決定
CYANA	2.0.29	Guntert,P.	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function, structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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