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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1x1q | ||||||
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タイトル | Crystal structure of tryptophan synthase beta chain from Thermus thermophilus HB8 | ||||||
![]() | tryptophan synthase beta chain | ||||||
![]() | LYASE / structural genomics / Thermus thermophilus / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Asada, Y. / Kunishima, N. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of tryptophan synthase beta chain from Thermus thermophilus HB8 著者: Asada, Y. / Kunishima, N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 155 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 128.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 439.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 457.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 32.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 45.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is dimer |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45866.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: HB8 / プラスミド: pET11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CL / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.36 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2M Magnesium Chloride, 0.1M Tris-HCl, 15 % w/v PEG 4000, pH 8.5, MICROBATCH, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年4月27日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Bending Magnet / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 26974 / Num. obs: 26974 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 39.559 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rsym value: 0.111 / Net I/σ(I): 7.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 3.27 / Num. unique all: 2631 / Rsym value: 0.515 / % possible all: 99.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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原子変位パラメータ | Biso mean: 35.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.026
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