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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1x01 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Of Biotin Protein Ligase From Pyrococcus Horikoshii Ot3 in complex with ATP | ||||||
要素 | biotin--[acetyl-CoA-carboxylase] ligase | ||||||
キーワード | LIGASE / Biotin Protein Ligase / Dimer / Structural Genomics / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 biotin--[biotin carboxyl-carrier protein] ligase activity / protein modification process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pyrococcus horikoshii (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Bagautdinov, B. / Kunishima, N. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008 タイトル: Protein biotinylation visualized by a complex structure of biotin protein ligase with a substrate 著者: Bagautdinov, B. / Matsuura, Y. / Bagautdinova, S. / Kunishima, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1x01.cif.gz | 113.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1x01.ent.gz | 86.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1x01.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1x01_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1x01_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1x01_validation.xml.gz | 24.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1x01_validation.cif.gz | 34.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/1x01 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x0/1x01 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2d5dC 2dxuC 2dzcC 2e41C 2e64C 2ejfC 2ejgC 2evbC 2zgwC 1wq7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26103.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / 遺伝子: BIRA / プラスミド: pET 11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): (DE3)RIL 参照: UniProt: O57883, biotin-[biotin carboxyl-carrier protein] ligase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.5 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: PEG20K, Acetate, NaOH, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-D / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年12月12日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→40 Å / Num. all: 29087 / Num. obs: 29015 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 21.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 10.4 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 2837 / % possible all: 94.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 1wq7 解像度: 2→32.39 Å / Isotropic thermal model: Overall / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 35.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→32.39 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 2
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