PDB-1wy6: Crystal Structure of Hypothetical Protein [ST1625p] from Hyperthe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1wy6

タイトル

Crystal Structure of Hypothetical Protein [ST1625p] from Hyperthermophilic Archaeon Sulfolobus tokodaii

要素

hypothetical protein ST1625

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / hypothetical protein / helical repeat protein

機能・相同性

Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #350 / Protein of unknown function DUF1955 / Hypothetical protein ST1625 / Domain of unknown function (DUF1955) / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha / DUF1955 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Sulfolobus tokodaii (古細菌)

手法

X線回折 /

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Yoneda, K. / Sakuraba, H. / Tsuge, H. / Katunuma, N. / Kuramitsu, S. / Kawabata, T. / Ohshima, T.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2005
タイトル: The first crystal structure of an archaeal helical repeat protein.
著者: Yoneda, K. / Sakuraba, H. / Tsuge, H. / Katunuma, N. / Kuramitsu, S. / Kawabata, T. / Ohshima, T.

履歴

登録	2005年2月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え	2005年2月15日	ID: 1VDU
改定 1.0	2005年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1wy6.cif.gz	43.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1wy6.ent.gz	30.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1wy6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1wy6_validation.pdf.gz	422.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1wy6_full_validation.pdf.gz	425.8 KB	表示
XML形式データ	1wy6_validation.xml.gz	9 KB	表示
CIF形式データ	1wy6_validation.cif.gz	11.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/1wy6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wy/1wy6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7a4m-d 4dyz-d 3ajq-d 6dkm-4 6kh3-d 1yyh-1 3ajp-d 1fha-d 3r2r-d 6kh1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: hypothetical protein ST1625

19.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.370, 50.440, 82.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	hypothetical protein ST1625 分子量: 19413.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus tokodaii (古細菌) / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-gamiTM (DE3) / 参照: UniProt: Q970G9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 20% PEG 8000, 100mM phosphate/citrate, 100mM NaCl, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年10月24日
放射	モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→500 Å / Num. obs: 127292 / B_iso Wilson estimate: 15.5 Å²

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Crystal	Clear	データ収集
HKL-2000		データ削減
SOLVE		位相決定
CNS	1.1	精密化
CrystalClear	(MSC/RIGAKU)	データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2→50 Å / σ(F): 0 /

	R_factor	反射数
R_free	0.275	-
R_work	0.222	-
obs	-	127292

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1254	0	0	71	1325

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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