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- PDB-1wxl: Solution Structure of the HMG-box domain in the SSRP1 subunit of FACT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wxl
タイトルSolution Structure of the HMG-box domain in the SSRP1 subunit of FACT
要素Single-strand recognition protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / FACT / SSRP1 / HMG
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Formation of RNA Pol II elongation complex / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / follicle cell of egg chamber development / FACT complex / regulation of chromatin organization / chromo shadow domain binding / nucleosomal DNA binding ...Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Formation of RNA Pol II elongation complex / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / follicle cell of egg chamber development / FACT complex / regulation of chromatin organization / chromo shadow domain binding / nucleosomal DNA binding / positive regulation of actin filament polymerization / negative regulation of protein phosphorylation / nucleosome binding / histone binding / DNA replication / protein heterodimerization activity / DNA repair / nucleolus / RNA binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / SSRP1 PH domain / FACT complex subunit SSRP1/POB3 / SSRP1, dimerization domain / FACT complex subunit SSRP1/POB3, N-terminal PH domain / SSRP1 domain superfamily / : / Structure-specific recognition protein (SSRP1) / POB3-like N-terminal PH domain / Histone chaperone RTT106/FACT complex subunit SPT16-like, middle domain ...: / SSRP1 PH domain / FACT complex subunit SSRP1/POB3 / SSRP1, dimerization domain / FACT complex subunit SSRP1/POB3, N-terminal PH domain / SSRP1 domain superfamily / : / Structure-specific recognition protein (SSRP1) / POB3-like N-terminal PH domain / Histone chaperone RTT106/FACT complex subunit SPT16-like, middle domain / Histone chaperone Rttp106-like, middle domain / Histone chaperone Rttp106-like / High mobility group box domain / DNA Binding (I), subunit A / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / PH-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FACT complex subunit Ssrp1
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Kasai, N. / Tsunaka, Y. / Ohki, I. / Hirose, S. / Morikawa, K. / Tate, S.
引用ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2005
タイトル: Solution structure of the HMG-box domain in the SSRP1 subunit of FACT
著者: Kasai, N. / Tsunaka, Y. / Ohki, I. / Hirose, S. / Morikawa, K. / Tate, S.
履歴
登録2005年1月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Single-strand recognition protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6701
ポリマ－8,6701
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Single-strand recognition protein / SSRP1 / SSRP / Chorion-factor 5


分子量: 8669.924 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 5-74 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q05344

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1223D 13C-separated NOESY
1322D TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12.2mM Protein U-15N,13C; 2mM Sodium Acetate buffer; 90% H2O,10% D2O90% H2O/10% D2O
22.2mM Protein U-15N,13C; 2mM Sodium Acetate buffer; 100% D2O100% D2O
試料状態イオン強度: 0 / pH: 5.2 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX6001
Bruker DMXBrukerDMX7502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6brukercollection
NMRPipeDelaglio et al.解析
CNS1.1Brunger et al.構造決定
PIPPGarrett et al.データ解析
CNS1.1Brunger et al.精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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