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万見
- PDB-1wwc: NT3 BINDING DOMAIN OF HUMAN TRKC RECEPTOR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wwc
タイトルNT3 BINDING DOMAIN OF HUMAN TRKC RECEPTOR
要素PROTEIN (NT-3 GROWTH FACTOR RECEPTOR TRKC)
キーワードTRANSFERASE / TRK RECEPTOR / RECEPTOR TYROSINE KINASE / 3D-DOMAIN SWAPPING
機能・相同性
機能・相同性情報


NTF3 activates NTRK3 signaling / Activated NTRK3 signals through PLCG1 / Signaling by NTRK3 (TRKC) / Receptor-type tyrosine-protein phosphatases / NTRK3 as a dependence receptor / neurotrophin receptor activity / neurotrophin binding / Activated NTRK3 signals through PI3K / activation of GTPase activity / positive regulation of positive chemotaxis ...NTF3 activates NTRK3 signaling / Activated NTRK3 signals through PLCG1 / Signaling by NTRK3 (TRKC) / Receptor-type tyrosine-protein phosphatases / NTRK3 as a dependence receptor / neurotrophin receptor activity / neurotrophin binding / Activated NTRK3 signals through PI3K / activation of GTPase activity / positive regulation of positive chemotaxis / Activated NTRK3 signals through RAS / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / activation of protein kinase B activity / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / negative regulation of protein phosphorylation / cellular response to nerve growth factor stimulus / positive regulation of MAP kinase activity / receptor protein-tyrosine kinase / positive regulation of neuron projection development / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / p53 binding / PIP3 activates AKT signaling / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / heart development / nervous system development / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / cell differentiation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / positive regulation of cell migration / positive regulation of protein phosphorylation / axon / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
NT-3 growth factor receptor NTRK3 / Growth factor receptor NTRK / Growth factor receptor NTRK, leucine rich repeat C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal motif / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site ...NT-3 growth factor receptor NTRK3 / Growth factor receptor NTRK / Growth factor receptor NTRK, leucine rich repeat C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal motif / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class II, conserved site / Receptor tyrosine kinase class II signature. / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Leucine rich repeat / Immunoglobulin I-set domain / Leucine-rich repeat profile. / : / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NT-3 growth factor receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ultsch, M.H. / Wiesmann, C. / Simmons, L.C. / Henrich, J. / Yang, M. / Reilly, D. / Bass, S.H. / De Vos, A.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Crystal structures of the neurotrophin-binding domain of TrkA, TrkB and TrkC.
著者: Ultsch, M.H. / Wiesmann, C. / Simmons, L.C. / Henrich, J. / Yang, M. / Reilly, D. / Bass, S.H. / de Vos, A.M.
履歴
登録1999年4月30日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (NT-3 GROWTH FACTOR RECEPTOR TRKC)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4001
ポリマ－13,4001
非ポリマー00
水1,820101
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: PROTEIN (NT-3 GROWTH FACTOR RECEPTOR TRKC)

A: PROTEIN (NT-3 GROWTH FACTOR RECEPTOR TRKC)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8002
ポリマ－26,8002
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_557x-y,-y,-z+7/31
Buried area4730 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area12920 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)82.900, 82.900, 30.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (NT-3 GROWTH FACTOR RECEPTOR TRKC)


分子量: 13400.147 Da / 分子数: 1 / 断片: LIGAND BINDING DOMAIN / 変異: F410V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16288
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化pH: 6
詳細: 4MG/ML IN 0.15M NACL, 25MM TRIS PH 7.5, 1MM PMSF VERSUS 25% GLYCEROL, 0.1M NAOAC PH 6.0.
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
14 mg/mlprotein1drop
20.15 M1dropNaCl
325 mMTris-HCl1drop
41 mMPMSF1drop
525 %(v/v)glycerol1reservoir
60.1 Msamarium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.91
検出器日付: 1996年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 8088 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.043
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / % possible all: 89.5
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 89.5 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4モデル構築
X-PLOR3.851精密化
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.9→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.5
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 897 10 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs-8088 94.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.72 Å2-1.31 Å20 Å2
2--2.72 Å20 Å2
3----5.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数857 0 0 101 958
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it4.044
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it5.867.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it5.033.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it7.796.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.032 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 93 10.4 %
Rwork0.267 887 -
obs--89.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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