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- PDB-1wvu: Crystal structure of chitinase C from Streptomyces griseus HUT6037 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wvu
タイトルCrystal structure of chitinase C from Streptomyces griseus HUT6037
要素chitinase C
キーワードHYDROLASE / family 19 chitinase / whole structure
機能・相同性
機能・相同性情報


endochitinase activity / chitin catabolic process / defense response to fungus / cell wall macromolecule catabolic process / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Endochitinase; domain 2 / Endochitinase, domain 2 / Glycoside hydrolase, family 19 / Glycoside hydrolase, family 19, catalytic / Chitinase class I / Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Chitin-binding domain type 3 / Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) / Carbohydrate-binding module family 5/12 ...Endochitinase; domain 2 / Endochitinase, domain 2 / Glycoside hydrolase, family 19 / Glycoside hydrolase, family 19, catalytic / Chitinase class I / Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Chitin-binding domain type 3 / Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 / Lysozyme - #10 / Ribbon / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Kezuka, Y. / Watanabe, T. / Nonaka, T.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Structural Studies of a Two-domain Chitinase from Streptomyces griseus HUT6037
著者: Kezuka, Y. / Ohishi, M. / Itoh, Y. / Watanabe, J. / Mitsutomi, M. / Watanabe, T. / Nonaka, T.
#1: ジャーナル: Biosci.Biotechnol.Biochem. / 年: 2002
タイトル: Functional analysis of the chitin-binding domain of a family 19 chitinase from Streptomyces griseus HUT6037: substrate-binding affinity and cis-dominant increase of antifungal function
著者: Itoh, Y. / Kawase, T. / Nikaidou, N. / Fukada, H. / Mitsutomi, M. / Watanabe, T. / Itoh, Y.
#2: ジャーナル: Microbiology / 年: 1999
タイトル: Family 19 chitinases of Streptomyces species: characterization and distribution
著者: Watanabe, T. / Kanai, R. / Kawase, T. / Tanabe, T. / Mitsutomi, M. / Sakuda, S. / Miyashita, K.
#3: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 1996
タイトル: A modular family 19 chitinase found in the prokaryotic organism Streptomyces griseus HUT 6037
著者: Ohno, T. / Armand, S. / Hata, T. / Nikaidou, N. / Henrissat, B. / Mitsutomi, M. / Watanabe, T.
履歴
登録2004年12月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: chitinase C
B: chitinase C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,45515
ポリマ－56,9942
非ポリマー46113
水3,261181
1
A: chitinase C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7819
ポリマ－28,4971
非ポリマー2848
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: chitinase C
B: chitinase C
ヘテロ分子

A: chitinase C
B: chitinase C
ヘテロ分子

A: chitinase C
B: chitinase C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,36645
ポリマ－170,9836
非ポリマー1,38339
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_456z-1/2,-x+1/2,-y+11
crystal symmetry operation12_565-y+1/2,-z+1,x+1/21
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)127.850, 127.850, 127.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213

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要素

#1: タンパク質 chitinase C / glycosyl hydrolase


分子量: 28497.170 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 30-294 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌)
プラスミド: pET12a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: GenBank: 2662299, UniProt: O50152*PLUS, chitinase
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: Sodium chloride, Sodium acetate buffer, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月17日
放射モノクロメーター: UNDULATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→42.64 Å / Num. all: 24823 / Num. obs: 24823 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 46.661 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.45→2.51 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Num. unique all: 318 / Rsym value: 0.125 / % possible all: 75.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.45→35.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 6.276 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.284 / ESU R Free: 0.221 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22272 1262 5.1 %RANDOM
Rwork0.17238 ---
all0.17494 23560 --
obs0.17494 23560 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→35.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3541 0 13 181 3735
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0223659
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023032
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6461.9134993
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90137076
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.085459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.6324.807181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.82815510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8011513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2513
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024241
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02780
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.2883
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1810.23056
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1990.21919
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.21910
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1580.2171
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1490.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.160.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0790.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9881.52851
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1811.5955
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.26523636
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.94531693
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9174.51357
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.513 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 61 -
Rwork0.237 1334 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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