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- PDB-1wte: Crystal structure of type II restrcition endonuclease, EcoO109I c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wte
タイトルCrystal structure of type II restrcition endonuclease, EcoO109I complexed with cognate DNA
要素
  • 5'-D(*AP*CP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*TP*GP*CP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*GP*T)-3'
  • EcoO109IR
キーワードhydrolase/DNA / Restriction endonuclease / DNA complex / hydrolase-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


type ii restriction endonuclease, domain 1 / type ii restriction endonuclease, domain 1 / type ii restriction endonuclease, domain 2 / type ii restriction endonuclease, domain 2 / Restriction endonuclease EcoO109IR, catalytic domain superfamily / Restriction endonuclease type II-like / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / EcoO109IR
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Hashimoto, H. / Shimizu, T. / Imasaki, T. / Kato, M. / Shichijo, N. / Kita, K. / Sato, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Crystal structures of type II restriction endonuclease EcoO109I and its complex with cognate DNA
著者: Hashimoto, H. / Shimizu, T. / Imasaki, T. / Kato, M. / Shichijo, N. / Kita, K. / Sato, M.
履歴
登録2004年11月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: 5'-D(*AP*CP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*TP*GP*CP*C)-3'
Y: 5'-D(*GP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*GP*T)-3'
A: EcoO109IR
B: EcoO109IR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,9576
ポリマ－70,9114
非ポリマー462
水11,295627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.103, 71.879, 203.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
モデル数2

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*AP*CP*CP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*TP*GP*CP*C)-3'


分子量: 3913.538 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*CP*GP*GP*T)-3'


分子量: 4033.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 EcoO109IR / TYPE II RESTRICTION ENDONUCLEASE


分子量: 31481.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101
参照: UniProt: Q9RPJ3, type II site-specific deoxyribonuclease
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 627 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: PEG 20000, sodium acetate, 6-aminocaproic acid, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1sodium acetate11
26-aminocaproic acid11
3PEG 2000011
4sodium acetate12
5PEG 2000012

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→67.77 Å / Num. all: 55952 / Num. obs: 55952 / % possible obs: 93.5 %
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / % possible all: 89.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ削減
SOLVE位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.9→23.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 3.763 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22324 2841 5.1 %RANDOM
Rwork0.17063 ---
all0.1733 55952 --
obs0.1733 53090 97.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.636 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å2-0.02 Å2-0.02 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→23.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4438 527 2 627 5594
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0225720
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024542
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7942.1757948
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.004310698
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0555542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.56225.043230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.66115828
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9651518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2866
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.025562
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02904
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2710.21107
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1970.24469
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1940.22524
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.22484
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1980.2489
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1620.212
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1510.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1980.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1730.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9261.52700
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2851.51112
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.67424356
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.49533350
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6254.53592
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.905→1.954 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 213 -
Rwork0.235 3624 -
obs--91.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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