PDB-1wt8: Solution Structure of BmP08 from the Venom of Scorpion Buthus mar...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1wt8

タイトル

Solution Structure of BmP08 from the Venom of Scorpion Buthus martensii Karsch, 20 structures

要素

Neurotoxin BmK X

キーワード

TOXIN / ALPHA/BETA scaffold

機能・相同性

Knottin, scorpion toxin-like superfamily / extracellular region / Neurotoxin BmP08

機能・相同性情報

生物種

Mesobuthus martensii (サソリ)

手法

溶液NMR / distance geometry

データ登録者

Wu, H. / Chen, X. / Tong, X. / Li, Y. / Zhang, N. / Wu, G.

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2005
タイトル: Solution structure of BmP08, a novel short-chain scorpion toxin from Buthus martensi Karsch.
著者: Chen, X. / Li, Y. / Tong, X. / Zhang, N. / Wu, G. / Zhang, Q. / Wu, H.

履歴

登録	2004年11月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年4月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1wt8.cif.gz	175.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1wt8.ent.gz	143.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1wt8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/1wt8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/1wt8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1acw 1du9 1pnh 1scy
類似構造データ	2idh-2 2mso-d 2rtz-d 6d8y-d 1tsk-d 2ncv-d 2khb-d 5ngn-3 2lqa-d 2m7t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Neurotoxin BmK X

3.33 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #2	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Neurotoxin BmK X 分子量: 3333.882 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mesobuthus martensii (サソリ) / Secretion: venom / 参照: UniProt: Q7Z0H4
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY, 2D TOCSY, DQF-COSY
1	2	2	2D NOESY, 2D TOCSY, DQF-COSY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	3.3mM	90% H2O/10% D2O
2	3.3mM	100% D2O

試料状態

pH: 3.02 / 圧: ambient / 温度: 303 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR	6.1B	Mike Carlisle, Dan Steele, Mike Miller	collection
VNMR	6.1B	Mike Carlisle, Dan Steele, Mike Miller	解析
XEASY	1994	Tai-he Xia, Christian Bartel	データ解析
DYANA	1.5	Peter Guntert, Christian Mumenthaler, Torsten Herrmann	構造決定
Amber	5		精密化

精密化

手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1
詳細: The structure are based on a total of 329 constraints, 296 are NOE-derived distance constraints, 10 dihedral angle constraints, 23 distance constraints from seven hydrogen bonds and three disulfide bonds.

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)