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- PDB-1wra: Crystal Structure of Phosphorylcholine Esterase Domain of the Vir... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wra
タイトルCrystal Structure of Phosphorylcholine Esterase Domain of the Virulence Factor Choline Binding Protein E from Streptococcus Pneumoniae
要素Teichoic acid phosphorylcholine esterase/choline binding protein E (cbpE)
キーワードHYDROLASE / phosphocholine / iron / esterase / choline / streptococcus / pneum / metallo / lactamase / PCE / CBPE
機能・相同性
機能・相同性情報


metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ComA-like, MBL domain / : / Choline-binding repeat / Putative cell wall binding repeat / Cell wall/choline-binding repeat / Cell wall-binding repeat profile. / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily ...ComA-like, MBL domain / : / Choline-binding repeat / Putative cell wall binding repeat / Cell wall/choline-binding repeat / Cell wall-binding repeat profile. / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHOCHOLINE / Teichoic acid phosphorylcholine esterase/choline binding protein E (CbpE)
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae R6 (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Garau, G. / Dideberg, O.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of phosphorylcholine esterase domain of the virulence factor choline-binding protein e from streptococcus pneumoniae: new structural features among the metallo-beta-lactamase superfamily
著者: Garau, G. / Lemaire, D. / Vernet, T. / Dideberg, O. / Di Guilmi, A.M.
#1: ジャーナル: MOL.MICROBIOL. / 年: 2001
タイトル: Identification of the teichoic acid phosphorylcholine esterase in Streptococcus pneumoniae
著者: Vollmer, W. / Tomasz, A.
#2: ジャーナル: NAT.STRUCT.BIOL. / 年: 2001
タイトル: A novel solenoid fold in the cell wall anchoring domain of the pneumococcal virulence factor LytA
著者: Fernandez-Tornero, C. / Lopez, R. / Garzia, E. / Gimenez-Gallego, G. / Romero, A.
履歴
登録2004年10月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Teichoic acid phosphorylcholine esterase/choline binding protein E (cbpE)
B: Teichoic acid phosphorylcholine esterase/choline binding protein E (cbpE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,14323
ポリマ－70,0912
非ポリマー2,05221
水6,521362
1
A: Teichoic acid phosphorylcholine esterase/choline binding protein E (cbpE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,13112
ポリマ－35,0461
非ポリマー1,08511
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Teichoic acid phosphorylcholine esterase/choline binding protein E (cbpE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,01311
ポリマ－35,0461
非ポリマー96710
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
A: Teichoic acid phosphorylcholine esterase/choline binding protein E (cbpE)
ヘテロ分子

A: Teichoic acid phosphorylcholine esterase/choline binding protein E (cbpE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,26124
ポリマ－70,0912
非ポリマー2,17022
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area5980 Å2
ΔGint-212 kcal/mol
Surface area24700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.302, 98.302, 172.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-544-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 5

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1GLYGLYAA30 - 3344 - 308
2GLUGLUBB27 - 3341 - 308

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Teichoic acid phosphorylcholine esterase/choline binding protein E (cbpE)


分子量: 35045.672 Da / 分子数: 2 / 断片: CATALYTIC DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae R6 (肺炎レンサ球菌)
生物種: Streptococcus pneumoniae / 株: ATCC BAA-255 / R6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8DQ62, glycerophosphocholine cholinephosphodiesterase

-
非ポリマー , 5種, 383分子

#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-PC / PHOSPHOCHOLINE


分子量: 184.151 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H15NO4P
#5: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: MPD, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS / 波長: 1.54179 / 波長: 1.54179 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年12月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→23.84 Å / Num. all: 56344 / Num. obs: 56344 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 1.8 / Observed criterion σ(I): 1.8 / 冗長度: 20 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 21.7 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.4 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CCP4モデル構築
REFMAC5.1.24精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→23.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 3.06 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.204 2835 5.1 %RANDOM
Rwork0.174 ---
obs0.176 53117 96.73 %-
all-53117 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20 Å20 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3----0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→23.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4940 0 30 451 5421
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0215161
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.024506
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0051.9557008
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.103310542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg25.3485617
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1390.2755
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.025667
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.021015
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.2993
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2630.25207
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0920.22729
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1470.2299
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0880.220
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0960.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3350.264
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0990.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8921.53053
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.67624942
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.43232108
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9434.52049
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1801medium positional0.170.5
2825loose positional0.375
1801medium thermal1.022
2825loose thermal1.6410
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.283 187
Rwork0.197 3480

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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