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- PDB-1wr1: The complex structure of Dsk2p UBA with ubiquitin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wr1
タイトルThe complex structure of Dsk2p UBA with ubiquitin
要素
  • Ubiquitin
  • Ubiquitin-like protein DSK2
キーワードSIGNALING PROTEIN / UBA DOMAIN / UBA-UBIQUITIN COMPLEX / DSK2
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / : / : / : / Regulation of TP53 Degradation / Josephin domain DUBs / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / RAS processing / spindle pole body duplication ...: / : / : / : / : / Regulation of TP53 Degradation / Josephin domain DUBs / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / RAS processing / spindle pole body duplication / Regulation of PTEN localization / ER Quality Control Compartment (ERQC) / UCH proteinases / Pexophagy / Interleukin-1 signaling / Aggrephagy / Peroxisomal protein import / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / ABC-family proteins mediated transport / protein localization to vacuole / Metalloprotease DUBs / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Translesion Synthesis by POLH / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / Termination of translesion DNA synthesis / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Neddylation / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Orc1 removal from chromatin / MAPK6/MAPK4 signaling / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Dual incision in TC-NER / ribosomal large subunit export from nucleus / polyubiquitin modification-dependent protein binding / Ub-specific processing proteases / ERAD pathway / ribosomal large subunit assembly / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / ribosome biogenesis / protein-macromolecule adaptor activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ubiquitin protein ligase binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Heat shock chaperonin-binding / Heat shock chaperonin-binding motif. / Ubiquitin-associated (UBA) domain / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily / Ribosomal L40e family / Ribosomal_L40e ...: / Heat shock chaperonin-binding / Heat shock chaperonin-binding motif. / Ubiquitin-associated (UBA) domain / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily / Ribosomal L40e family / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyubiquitin / Ubiquitin domain-containing protein DSK2 / Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing, molecular dynamics, energy minimization
データ登録者Ohno, A. / Jee, J.G. / Fujiwara, K. / Tenno, T. / Goda, N. / Tochio, H. / Hiroaki, H. / kobayashi, H. / Shirakawa, M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2005
タイトル: Structure of the UBA domain of Dsk2p in complex with ubiquitin molecular determinants for ubiquitin recognition.
著者: Ohno, A. / Jee, J. / Fujiwara, K. / Tenno, T. / Goda, N. / Tochio, H. / Kobayashi, H. / Hiroaki, H. / Shirakawa, M.
履歴
登録2004年10月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年9月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly ...pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_nmr_software.name / _struct.title / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn / diffrn_radiation / diffrn_radiation_wavelength
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin
B: Ubiquitin-like protein DSK2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7512
ポリマ－14,7512
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area840 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area8010 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #16closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin


分子量: 8568.769 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: UBI4 (1224-1451) / プラスミド: pET-24a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61864, UniProt: P0CG63*PLUS
#2: タンパク質 Ubiquitin-like protein DSK2


分子量: 6181.740 Da / 分子数: 1 / Fragment: C-TERMINAL UBA DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: DSK2 (982-1120) / プラスミド: pGEX-KG / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P48510

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1114D 13C/15N-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY
1313D 13C-separated NOESY
1413D 13C-edited/13C-filtered-NOESY
1524D 13C/15N-separated NOESY
1623D 15N-separated NOESY
1723D 13C-separated ROESY
1823D 13C-edited/13C-filtered-NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1U-15N, 13C ubiquitin + DSK2-UBA complex (0.9mM)20mM Phosphate buffer (pH 6.8); 5mM potassium chloride; 1mM EDTA; 5% D2O
2U-15N, 13C DSK2-UBA + ubiquitin complex (1.0mM)20mM Phosphate buffer (pH 6.8); 5mM potassium chloride; 1mM EDTA; 5% D2O
試料状態イオン強度: 20mM potassium phosphate, 5mM potassium chloride
pH: 6.8 / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX8001
Varian INOVAVarianINOVA9002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3.5collection
VNMR6.1Ccollection
NMRPipe2.1Delaglio解析
Sparky3.1.0.0Goddardデータ解析
CYANA2.0.17Guntert構造決定
Amber7Pearlman精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing, molecular dynamics, energy minimization
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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