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- PDB-1wq6: The tetramer structure of the nervy homolgy two (NHR2) domain of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wq6
タイトルThe tetramer structure of the nervy homolgy two (NHR2) domain of AML1-ETO is critical for AML1-ETO'S activity
要素AML1-ETO
キーワードONCOPROTEIN / NHR2 / ETO / AML1-ETO
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of fat cell differentiation / nuclear matrix / transcription corepressor activity / DNA-binding transcription factor binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #230 / Protein CBFA2T1 / CBFA2T family / NHR2-like / NHR2 domain like / TAFH/NHR1 domain superfamily / NHR1 homology to TAF / TAFH/NHR1 domain profile. / TAF homology / TAFH/NHR1 ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #230 / Protein CBFA2T1 / CBFA2T family / NHR2-like / NHR2 domain like / TAFH/NHR1 domain superfamily / NHR1 homology to TAF / TAFH/NHR1 domain profile. / TAF homology / TAFH/NHR1 / MYND finger / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger MYND-type profile. / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Liu, Y. / Cheney, M.D. / Chruszcz, M. / Lukasik, S.M. / Hartman, K.L. / Laue, T.M. / Dauter, Z. / Minor, W. / Speck, N.A. / Bushweller, J.H.
引用ジャーナル: Cancer Cell / 年: 2006
タイトル: The tetramer structure of the Nervy homology two domain, NHR2, is critical for AML1/ETO's activity
著者: Liu, Y. / Cheney, M.D. / Gaudet, J.J. / Chruszcz, M. / Lukasik, S.M. / Sugiyama, D. / Lary, J. / Cole, J. / Dauter, Z. / Minor, W. / Speck, N.A. / Bushweller, J.H.
履歴
登録2004年9月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AML1-ETO
B: AML1-ETO


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3072
ポリマ－18,3072
非ポリマー00
水1,06359
1
A: AML1-ETO
B: AML1-ETO

A: AML1-ETO
B: AML1-ETO


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6154
ポリマ－36,6154
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-x+2,-y+1,z1
Buried area10930 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area14080 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)60.720, 75.442, 30.781
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細The biological assembly is a tetramer generated from the dimer in the asymmetric unit by the operations: x, y, z and -x+2, -y+1, z

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要素

#1: タンパク質 AML1-ETO / Protein CBFA2T1 / MTG8 protein / ETO protein / Eigth twenty one protein / Cyclin D related protein ...Protein CBFA2T1 / MTG8 protein / ETO protein / Eigth twenty one protein / Cyclin D related protein / Zinc finger MYND domain containing protein 2


分子量: 9153.730 Da / 分子数: 2 / 断片: NHR2 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AML1/ETO / プラスミド: PET30a(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q06455
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 100mM Na citrate (pH 5.6), 100mM MgCl2, 30% MPD, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.97946, 0.97915, 0.96422
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月29日 / 詳細: DOUBLE CRYSTAL FOCUSING MIRRORS
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(III) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979461
20.979151
30.964221
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 10096 / Num. obs: 10096 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 24.9
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.196 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Num. unique all: 683 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SHELXD位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 4.283 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.206 / ESU R Free: 0.19 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. The structure was refined also with CNS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27012 493 5 %RANDOM
Rwork0.21274 ---
all0.233 9346 --
obs0.21575 9346 97.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.998 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.69 Å20 Å20 Å2
2---2.47 Å20 Å2
3---1.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1040 0 0 59 1099
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0211062
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02940
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.7941.9191428
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.27332162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1865116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1750.2146
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.021174
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02246
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2450.2266
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2720.21085
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1040.2682
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2720.245
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2630.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.350.294
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1880.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0411.5590
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6492948
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.8863472
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.8094.5480
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.337 38
Rwork0.226 645

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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