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- PDB-1wmw: Crystal structure of geranulgeranyl diphosphate synthase from The... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wmw
タイトルCrystal structure of geranulgeranyl diphosphate synthase from Thermus thermophilus
要素geranylgeranyl diphosphate synthetase
キーワードTRANSFERASE / GGPP / PRENYL DIPHOSPHATE SYNTHASE / THERMUS / Structural Genomics / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


geranylgeranyl diphosphate biosynthetic process / geranylgeranyl diphosphate synthase activity
類似検索 - 分子機能
Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Geranylgeranyl diphosphate synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Suto, K. / Nishio, K. / Nodake, Y. / Hamada, K. / Kawamoto, M. / Nakagawa, N. / Kuramitu, S. / Miura, K. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of geranulgeranyl diphosphate synthase from Thermus thermophilus
著者: Suto, K. / Nishio, K. / Nodake, Y. / Hamada, K. / Kawamoto, M. / Nakagawa, N. / Kuramitu, S. / Miura, K.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Expression, purification, crystallization and preliminary X-ray studies of geranylgeranyl diphosphate synthase from Thermus thermophilus HB8
著者: Nishio, K. / Nodake, Y. / Hamada, K. / Suto, K. / Nakagawa, N. / Kuramitsu, S. / Miura, K.
履歴
登録2004年7月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: geranylgeranyl diphosphate synthetase
B: geranylgeranyl diphosphate synthetase
C: geranylgeranyl diphosphate synthetase
D: geranylgeranyl diphosphate synthetase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,2084
ポリマ－146,2084
非ポリマー00
水21,3841187
1
A: geranylgeranyl diphosphate synthetase
B: geranylgeranyl diphosphate synthetase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,1042
ポリマ－73,1042
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3700 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area24870 Å2
手法PISA
2
C: geranylgeranyl diphosphate synthetase
D: geranylgeranyl diphosphate synthetase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,1042
ポリマ－73,1042
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3700 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area24810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.880, 139.880, 73.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質
geranylgeranyl diphosphate synthetase


分子量: 36552.031 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / プラスミド: pET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q5SMD0, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: PEG 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL40B2 / 波長: 0.97880, 0.97777, 0.97760, 0.96860
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年2月28日
放射モノクロメーター: SILICON / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97881
20.977771
30.97761
40.96861
反射解像度: 1.55→30 Å / Num. all: 204955 / Num. obs: 182752 / % possible obs: 89.2 % / Observed criterion σ(F): 5.58 / Observed criterion σ(I): 40.73 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 16.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039
反射 シェル解像度: 1.55→1.61 Å / Rmerge(I) obs: 0.115 / % possible all: 81.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.55→19.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 2726389.73 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.198 9157 5 %RANDOM
Rwork0.175 ---
obs0.175 182688 89 %-
all-204846 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.0057 Å2 / ksol: 0.378019 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 18.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.87 Å20 Å20 Å2
2---0.87 Å20 Å2
3---1.74 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.17 Å0.15 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a--0.06 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10139 0 0 1187 11326
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.31.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.812
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.332
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.222.5
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.65 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.182 1442 5.1 %
Rwork0.159 26827 -
obs--83.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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