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- PDB-1wmg: Crystal structure of the UNC5H2 death domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wmg
タイトルCrystal structure of the UNC5H2 death domain
要素netrin receptor Unc5h2
キーワードAPOPTOSIS / six helix bundle / death domain / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


netrin receptor activity / anterior/posterior axon guidance / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / axon guidance / angiogenesis / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / membrane raft / apoptotic process / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
UNC5B, death domain / UPA domain / Netrin receptor UNC5 / UPA domain / Domain present in ZO-1 and Unc5-like netrin receptors / ZU5 domain / ZU5 domain / ZU5 domain profile. / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas ...UNC5B, death domain / UPA domain / Netrin receptor UNC5 / UPA domain / Domain present in ZO-1 and Unc5-like netrin receptors / ZU5 domain / ZU5 domain / ZU5 domain profile. / Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / Thrombospondin type 1 domain / Death domain profile. / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Death-like domain superfamily / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
SULFITE ION / Netrin receptor UNC5B
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Handa, N. / Murayama, K. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2006
タイトル: Structure of the UNC5H2 death domain
著者: Handa, N. / Kukimoto-Niino, M. / Akasaka, R. / Murayama, K. / Terada, T. / Inoue, M. / Yabuki, T. / Aoki, M. / Seki, E. / Matsuda, T. / Nunokawa, E. / Tanaka, A. / Hayashizaki, Y. / Kigawa, T. ...著者: Handa, N. / Kukimoto-Niino, M. / Akasaka, R. / Murayama, K. / Terada, T. / Inoue, M. / Yabuki, T. / Aoki, M. / Seki, E. / Matsuda, T. / Nunokawa, E. / Tanaka, A. / Hayashizaki, Y. / Kigawa, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S.
履歴
登録2004年7月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: netrin receptor Unc5h2
B: netrin receptor Unc5h2
C: netrin receptor Unc5h2
D: netrin receptor Unc5h2
E: netrin receptor Unc5h2
F: netrin receptor Unc5h2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,06616
ポリマ－67,2176
非ポリマー84910
水3,333185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)124.878, 47.207, 121.177
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 119.56, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-7-

HOH

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要素

#1: タンパク質
netrin receptor Unc5h2


分子量: 11202.854 Da / 分子数: 6 / 断片: Death domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: Cell-free protein synthesis / 参照: UniProt: Q8K1S3
#2: 化合物
ChemComp-SO3 / SULFITE ION / 亜硫酸アニオン


分子量: 80.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.9 % / 解説: The file contains Friedel pairs.
結晶化温度: 285 K / 手法: liquid diffusion / pH: 6.5
詳細: MES, magnesium sulfate, pH 6.5, LIQUID DIFFUSION, temperature 285K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 0.979006, 0.979363, 0.964000
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月6日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9790061
20.9793631
30.9641
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 71778 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.59 % / Biso Wilson estimate: 19.9 Å2 / Rsym value: 0.069
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Rsym value: 0.241 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→39.78 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 824690.65 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: The structure was refined also with ARP/wARP. The file contains Friedel pairs.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 3282 5 %RANDOM
Rwork0.229 ---
obs0.229 65800 93.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 59.5025 Å2 / ksol: 0.399766 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 45.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.14 Å20 Å29.07 Å2
2---9.32 Å20 Å2
3----2.83 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.31 Å0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→39.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4070 0 43 185 4298
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.87
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 495 5.1 %
Rwork0.303 9301 -
obs--83.3 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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