PDB-1wm8: Solution Structure of BmP03 from the Venom of Scorpion Buthus mar...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1wm8

タイトル

Solution Structure of BmP03 from the Venom of Scorpion Buthus martensii Karsch, 10 structures

要素

Neurotoxin BmP03

キーワード

TOXIN / ALPHA/BETA scaffold

機能・相同性

Short scorpion toxin, potassium channel inhibitor alpha-KTx 8/9 / BmTXKS1/BmP02 toxin family / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / ion channel inhibitor activity / : / toxin activity / extracellular region / Potassium channel toxin alpha-KTx 9.2

機能・相同性情報

生物種

Mesobuthus martensii (サソリ)

手法

溶液NMR / distance geometry

データ登録者

Wu, H. / He, F. / Li, Y. / Wu, G. / Cao, C. / Chen, X.

引用

ジャーナル: Acta Chim.Sinica / 年: 2000
タイトル: Three-Dimensional Structure of BmP03 from Venom of Scorpion Buthus martensii Karsch
著者: He, F. / Li, Y. / Wu, G. / Cao, C. / Wu, H.

履歴

登録	2004年7月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2018年4月18日	Group: Data collection / Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1wm8.cif.gz	70.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1wm8.ent.gz	54.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1wm8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1wm8_validation.pdf.gz	350.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1wm8_full_validation.pdf.gz	415.4 KB	表示
XML形式データ	1wm8_validation.xml.gz	11.7 KB	表示
CIF形式データ	1wm8_validation.cif.gz	16.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/1wm8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/1wm8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1acw 1du9 1pnh 1scy
類似構造データ	1emx-d 2mwj-d 2lg5-d 2lg6-d 1zmm-1 1cbh-d 1oig-d 2po8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Neurotoxin BmP03

2.94 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #2	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Neurotoxin BmP03 / Potassium ion channel blocker P03 分子量: 2944.347 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mesobuthus martensii (サソリ) / 参照: UniProt: Q9U8D1

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY, 2D TOCSY, DQF-COSY
1	2	2	2D NOESY, 2D TOCSY, DQF-COSY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	3.7mM	90% H2O/10% D2O
2	3.7mM	100% D2O

試料状態

pH: 3.0 / 圧: ambient / 温度: 303 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR	6.1B	Mike Carlisle, Dan Steele, Mike Miller	collection
VNMR	6.1B	Mike Carlisle, Dan Steele, Mike Miller	解析
Sybyl(NMR Triad model)	6.3	Tripos, Inc.	データ解析
Sybyl(DIANA program)	6.3	Tripos, Inc.	構造決定
Sybyl	6.3	Tripos, Inc.	精密化

精密化

手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1
詳細: the structure are based on a total of 268 constraints, 241 are NOE-derived distance constraints,6 dihedral angle constraints,21 distance constraints from six hydrogen bonds and three disulfide bonds.

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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