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万見
- PDB-1oig: The solution structure of the DPY module from the Dumpy protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oig
タイトルThe solution structure of the DPY module from the Dumpy protein
要素Dumpy, isoform Y
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / DROSOPHILA / DUMPY
機能・相同性
機能・相同性情報


chitin-based cuticle attachment to epithelium / regulation of imaginal disc-derived wing size / apposition of dorsal and ventral imaginal disc-derived wing surfaces / chitin-based embryonic cuticle biosynthetic process / open tracheal system development / extracellular matrix structural constituent / extracellular matrix / calcium ion binding / zinc ion binding / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
Cysteine-rich repeat / : / Dumpy, DPY module / Worm-specific repeat type 1 / Zinc finger, NF-X1-type / ZnF_NFX / Plant trypsin inhibitors / Follistatin-like, N-terminal / Follistatin-N-terminal domain-like / Zona pellucida (ZP) domain ...Cysteine-rich repeat / : / Dumpy, DPY module / Worm-specific repeat type 1 / Zinc finger, NF-X1-type / ZnF_NFX / Plant trypsin inhibitors / Follistatin-like, N-terminal / Follistatin-N-terminal domain-like / Zona pellucida (ZP) domain / ZP domain profile. / Zona pellucida domain / Complement Clr-like EGF domain / Complement Clr-like EGF-like / : / Calcium-binding EGF domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Dumpy, isoform Q / Dumpy, isoform Y
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Wilkin, M.B. / Becker, M.N. / Mulvey, D. / Phan, I. / Chao, A. / Cooper, K. / Chung, H.J. / Campbell, I.D. / Baron, M. / MacIntyre, R.
引用ジャーナル: Curr.Biol. / 年: 2000
タイトル: Drosophila Dumpy is a Gigantic Extracellular Protein Required to Maintain Tension at Epidermal-Cuticle Attachment Sites
著者: Wilkin, M.B. / Becker, M.N. / Mulvey, D. / Phan, I. / Chao, A. / Cooper, K. / Chung, H.J. / Campbell, I.D. / Baron, M. / MacIntyre, R.
履歴
登録2003年6月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年6月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / entity / entity_name_com / pdbx_entity_src_syn / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _audit_author.name / _citation.page_last ..._audit_author.name / _citation.page_last / _citation_author.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dumpy, isoform Y


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,6801
ポリマ－2,6801
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)22 / 50LEAST RESTRAINT VIOLATIONS
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Dumpy, isoform Y


分子量: 2680.006 Da / 分子数: 1 / 断片: DPY MODULE, RESIDUES 14185-14208 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: M9PC48, UniProt: M9PB30*PLUS
構成要素の詳細DROSOPHILA DUMPY IS A GIGANTIC EXTRACELLULAR PROTEIN REQUIRED TO MAINTAIN TENSION AT EPIDERMAL- ...DROSOPHILA DUMPY IS A GIGANTIC EXTRACELLULAR PROTEIN REQUIRED TO MAINTAIN TENSION AT EPIDERMAL-CUTICLE ATTACHMENT SITES
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111COSY
121TOCSY
131NOESY
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING HOMONUCLEAR NMR SPECTROSCOPY.

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試料調製

試料状態pH: 3.3 / 温度: 288 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
5001
6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.851BRUNGER精密化
X-PLOR3.851構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATIONS
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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