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- PDB-1wm0: PPARgamma in complex with a 2-BABA compound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wm0
タイトルPPARgamma in complex with a 2-BABA compound
要素
  • 14-mer from Nuclear receptor coactivator 2
  • Peroxisome proliferator activated receptor gamma
キーワードTRANSCRIPTION/SIGNALING PROTEIN / three-layer helical domain / TRANSCRIPTION-SIGNALING PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Recycling of bile acids and salts / Synthesis of bile acids and bile salts / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / HATs acetylate histones / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / Cytoprotection by HMOX1 / Estrogen-dependent gene expression ...Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Recycling of bile acids and salts / Synthesis of bile acids and bile salts / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Endogenous sterols / HATs acetylate histones / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / Cytoprotection by HMOX1 / Estrogen-dependent gene expression / prostaglandin receptor activity / : / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / arachidonate binding / positive regulation of adiponectin secretion / lipoprotein transport / DNA binding domain binding / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / WW domain binding / positive regulation of fatty acid metabolic process / STAT family protein binding / response to lipid / negative regulation of SMAD protein signal transduction / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / LBD domain binding / negative regulation of cholesterol storage / lipid homeostasis / E-box binding / locomotor rhythm / alpha-actinin binding / R-SMAD binding / aryl hydrocarbon receptor binding / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / monocyte differentiation / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / white fat cell differentiation / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / regulation of lipid metabolic process / negative regulation of lipid storage / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / regulation of glucose metabolic process / positive regulation of cholesterol efflux / negative regulation of BMP signaling pathway / cell fate commitment / negative regulation of osteoblast differentiation / negative regulation of mitochondrial fission / positive regulation of fat cell differentiation / BMP signaling pathway / long-chain fatty acid transport / nuclear retinoid X receptor binding / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / retinoic acid receptor signaling pathway / cell maturation / transcription regulator inhibitor activity / negative regulation of MAPK cascade / intracellular receptor signaling pathway / hormone-mediated signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / response to nutrient / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / epithelial cell differentiation / regulation of cellular response to insulin stimulus / peptide binding / negative regulation of miRNA transcription / response to progesterone / negative regulation of angiogenesis / placenta development / Regulation of PTEN gene transcription / positive regulation of apoptotic signaling pathway / nuclear receptor binding / transcription coregulator binding / negative regulation of smoothened signaling pathway / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / SUMOylation of intracellular receptors / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / mRNA transcription by RNA polymerase II / circadian regulation of gene expression / fatty acid metabolic process / PPARA activates gene expression / regulation of circadian rhythm / circadian rhythm / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / lipid metabolic process / regulation of blood pressure / positive regulation of miRNA transcription / negative regulation of inflammatory response / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II transcription regulator complex / cellular response to insulin stimulus / nuclear receptor activity
類似検索 - 分子機能
Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Peroxisome proliferator-activated receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily ...Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Peroxisome proliferator-activated receptor / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / : / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / Nuclear receptor coactivators bHLH domain / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / : / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PLB / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Nuclear receptor coactivator 2 / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Ostberg, T. / Svensson, S. / Selen, G. / Uppenberg, J. / Thor, M. / Sundbom, M. / Sydow-Backman, M. / Gustavsson, A.L. / Jendeberg, L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: A new class of peroxisome proliferator-activated receptor agonists with a novel binding epitope shows antidiabetic effects
著者: Ostberg, T. / Svensson, S. / Selen, G. / Uppenberg, J. / Thor, M. / Sundbom, M. / Sydow-Backman, M. / Gustavsson, A.L. / Jendeberg, L.
履歴
登録2004年7月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Peroxisome proliferator activated receptor gamma
Y: 14-mer from Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3833
ポリマ－34,9782
非ポリマー4041
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2000 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area14250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.166, 66.324, 122.671
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細PPAR/RXR

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要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator activated receptor gamma / PPAR-gamma


分子量: 33227.352 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 186-477 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96J12, UniProt: P37231*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド 14-mer from Nuclear receptor coactivator 2 / NCoA-2 / Transcriptional intermediary factor 2 / Glucocorticoid receptor-interacting protein 1 / GRIP-1


分子量: 1751.081 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide is naturally found in Mus musculus (Mouse)
参照: UniProt: Q61026
#3: 化合物 ChemComp-PLB / 2-[(2,4-DICHLOROBENZOYL)AMINO]-5-(PYRIMIDIN-2-YLOXY)BENZOIC ACID / 5-(2-PYRIMIDINYLOXY)-2-BENZOYLAMINOBENZOIC ACID / BVT-13


分子量: 404.204 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H11Cl2N3O4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG3000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→14.7 Å / Num. all: 9721 / Num. obs: 8525 / % possible obs: 87.7 % / Observed criterion σ(F): 3.2 / Observed criterion σ(I): 3.2 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / % possible all: 90.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→14.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 13.536 / SU ML: 0.271 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3.2 / ESU R Free: 0.457 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29541 441 4.9 %RANDOM
Rwork0.19088 ---
all0.1954 9721 --
obs0.19548 8525 87.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.429 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→14.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2270 0 27 0 2297
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0222338
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2821.9973146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.3345279
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1580.2361
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021706
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2720.21044
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1970.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2240.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3760.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2241.51407
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.41322275
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6083931
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.2764.5871
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.439 41
Rwork0.223 623

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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