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- PDB-1wlf: Structure of the N-terminal domain of PEX1 AAA-ATPase: Characteri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wlf
タイトルStructure of the N-terminal domain of PEX1 AAA-ATPase: Characterization of a putative adaptor-binding domain
要素Peroxisome biogenesis factor 1
キーワードPROTEIN TRANSPORT / N-TERMINAL DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule-based peroxisome localization / protein targeting to peroxisome / protein import into peroxisome matrix / peroxisome organization / : / Peroxisomal protein import / peroxisomal membrane / peroxisome / lipid binding / protein-containing complex binding ...microtubule-based peroxisome localization / protein targeting to peroxisome / protein import into peroxisome matrix / peroxisome organization / : / Peroxisomal protein import / peroxisomal membrane / peroxisome / lipid binding / protein-containing complex binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peroxisome biogenesis factor 1, N-terminal, alpha/beta / Peroxisome biogenesis factor 1, N-terminal / Peroxisome biogenesis factor 1 / Peroxisome biogenesis factor 1, N-terminal, psi beta-barrel fold / Peroxisome biogenesis factor 1, N-terminal / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 - #10 / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 / Barwin-like endoglucanases - #20 / Barwin-like endoglucanases / CDC48 domain 2-like superfamily ...Peroxisome biogenesis factor 1, N-terminal, alpha/beta / Peroxisome biogenesis factor 1, N-terminal / Peroxisome biogenesis factor 1 / Peroxisome biogenesis factor 1, N-terminal, psi beta-barrel fold / Peroxisome biogenesis factor 1, N-terminal / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 - #10 / Vcp-like ATPase; Chain A, domain 2 / Barwin-like endoglucanases - #20 / Barwin-like endoglucanases / CDC48 domain 2-like superfamily / Aspartate decarboxylase-like domain superfamily / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Roll / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peroxisome biogenesis factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 単一同系置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Shiozawa, K. / Maita, N. / Tomii, K. / Seto, A. / Goda, N. / Tochio, H. / Akiyama, Y. / Shimizu, T. / Shirakawa, M. / Hiroaki, H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structure of the N-terminal Domain of PEX1 AAA-ATPase: CHARACTERIZATION OF A PUTATIVE ADAPTOR-BINDING DOMAIN
著者: Shiozawa, K. / Maita, N. / Tomii, K. / Seto, A. / Goda, N. / Akiyama, Y. / Shimizu, T. / Shirakawa, M. / Hiroaki, H.
履歴
登録2004年6月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: refine_ls_shell
Item: _refine_ls_shell.number_reflns_obs / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs
改定 1.42019年11月6日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.pdbx_Rsym_value
改定 1.52024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome biogenesis factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0882
ポリマ－19,9921
非ポリマー961
水91951
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.560, 63.560, 33.514
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 Peroxisome biogenesis factor 1 / PEX1


分子量: 19991.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5BL07
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 30% PEG4000, 0.2M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年1月30日 / 詳細: osmic
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→30 Å / Num. obs: 52572 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 32.58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 2.05→2.15 Å / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 0.25 / Num. unique all: 1353 / Rsym value: 0.23

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解析

ソフトウェア
名称分類
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換 / 解像度: 2.05→15 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2575 771 -RANDOM
Rwork0.2134 ---
all-9449 --
obs-9434 99.8 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1295 0 5 51 1351
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0057
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.26
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.46
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.809
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.12 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.3203 78
Rwork0.2463 -
obs-928

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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