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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1wl0 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Of Octaprenyl Pyrophosphate Synthase From Hyperthermophilic Thermotoga Maritima R44A mutant | ||||||
![]() | octoprenyl-diphosphate synthase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / trans-type prenyltransferase / thermophilic | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Guo, R.T. / Kuo, C.J. / Cheng, Y.S. / Cheng, Y.L. / Liang, P.H. / Wang, A.H.-J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Biochemical and Structural Basis for Octaprenyl Pyrophosphate Synthase 著者: Guo, R.T. / Kuo, C.J. / Cheng, Y.S. / Cheng, Y.L. / Liang, P.H. / Wang, A.H.-J. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003 タイトル: Preliminary X-ray diffraction analysis of octaprenyl pyrophosphate synthase crystals from Thermotoga maritima and Escherichia coli 著者: Guo, R.T. / Ko, T.P. / Chou, C.C. / Shr, H.L. / Chu, H.M. / Tsai, Y.H. / Liang, P.H. / Wang, A.H.-J. #2: ![]() タイトル: Crystal Structure of Octaprenyl Pyrophosphate Synthase from Hyperthermophilic Thermotoga maritima and Mechanism of Product Chain Length Determination 著者: Guo, R.T. / Kuo, C.J. / Chou, C.C. / Ko, T.P. / Shr, H.L. / Liang, P.H. / Wang, A.H.-J. #3: ![]() タイトル: A Molecular Ruler for Chain Elongation Catalyzed by Octaprenyl Pyrophosphate Synthase and Its Structure-Based Engineering to Produce Unprecedented Long-Chain Trans-Prenyl Products 著者: Guo, R.T. / Kuo, C.J. / Ko, T.P. / Chou, C.C. / Liang, P.H. / Wang, A.H.-J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 122.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 97 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 453.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 467.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33814.223 Da / 分子数: 2 / 変異: R44A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: MSB8 / プラスミド: PET32XA-LIC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Tris-HCl, NaCl, HEPES, Lithium Sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年2月5日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 13361 / Num. obs: 13033 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 6.67 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 25.15 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.31 Å / Rmerge(I) obs: 0.526 / Mean I/σ(I) obs: 3.43 / % possible all: 93.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1V4E 解像度: 3.2→50 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 64.3 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.37 Å / Luzzati sigma a obs: 0.49 Å | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.2→3.31 Å
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