PDB-1wki: solution structure of ribosomal protein L16 from thermus thermoph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1wki

タイトル

solution structure of ribosomal protein L16 from thermus thermophilus HB8

要素

LSU ribosomal protein L16P

キーワード

RIBOSOME / MIXED ALPHA/BETA / structural genomics / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / structural constituent of ribosome / translation
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus (バクテリア)

手法

溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics

データ登録者

Nishimura, M. / Yoshida, T. / Shirouzu, M. / Terada, T. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / Ohkubo, T. / Kobayashi, Y. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Solution Structure of Ribosomal Protein L16 from Thermus thermophilus HB8
著者: Nishimura, M. / Yoshida, T. / Shirouzu, M. / Terada, T. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / Ohkubo, T. / Kobayashi, Y.

履歴

登録	2004年5月31日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

Remark 650

HELIX determination method: author determined

Remark 700

SHEET determination method: author determined

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1wki.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1wki.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1wki.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1wki_validation.pdf.gz	348 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1wki_full_validation.pdf.gz	567.1 KB	表示
XML形式データ	1wki_validation.xml.gz	95.4 KB	表示
CIF形式データ	1wki_validation.cif.gz	118.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/1wki ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/1wki	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2a4h-d 2hap-d 4ds7-2 2c9l-d 2vgn-2 3wan-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: ttk003000816.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (1) #10 - 2000年10月リボソーム (Ribosome) 類似性 (1) #157 - 2013年1月転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: LSU ribosomal protein L16P

16 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	30 / 700	target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	LSU ribosomal protein L16P 分子量: 15993.909 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 株: HB8 / 遺伝子: RPLP / プラスミド: PET26b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P60489

#1: タンパク質

LSU ribosomal protein L16P

分子量: 15993.909 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: RPLP / プラスミド: PET26b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P60489

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-SEPARATED NOESY
1	2	1	TRIPLE RESONANCE EXPERIMENTS FOR ASSIGNMENTS
1	3	1	3D 13C-SEPARATED NOESY

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	0.5MM L16 U-15N, 13C	10MM ACETATE BUFFER; 100MM NACL; 99% D2O
2	0.5MM L16 U-15N, 13C	10MM ACETATE BUFFER; 100MM NACL; 10% D2O
3	0.5MM L16 U-15N	10MM ACETATE BUFFER; 100MM NACL; 10% D2O

試料状態

イオン強度: 100mM NACL / pH: 5.4 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	600	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	500	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CNS	1.1	BRUNGER	精密化
CNS	1.1	BRUNGER	構造決定

精密化

手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: The structure are based on a total of 2590 restraints, 2364 are noe-derived distance constraints, 162 dihedral angle restraints, 64 distance restraints from hydrogen bonds.

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 700 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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