PDB-1wi2: Solution structure of the PDZ domain from RIKEN cDNA 2700099C19

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1wi2

タイトル

Solution structure of the PDZ domain from RIKEN cDNA 2700099C19

要素

RIKEN cDNA 2700099C19

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

Biotin transport and metabolism / Transport of vitamins, nucleosides, and related molecules / Ion influx/efflux at host-pathogen interface / Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / biotin metabolic process / Ion transport by P-type ATPases / pore complex assembly / transporter activator activity / pore complex / enzyme activator activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

溶液NMR

データ登録者

Seimiya, K. / Tomizawa, T. / Kigawa, T. / Yoshida, M. / Hayashi, F. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Solution structure of the PDZ domain from RIKEN cDNA 2700099C19
著者: Seimiya, K. / Tomizawa, T. / Kigawa, T. / Yoshida, M. / Hayashi, F. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2004年5月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年11月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1wi2.cif.gz	567.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1wi2.ent.gz	469 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1wi2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1wi2_validation.pdf.gz	344.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1wi2_full_validation.pdf.gz	514.6 KB	表示
XML形式データ	1wi2_validation.xml.gz	40.4 KB	表示
CIF形式データ	1wi2_validation.cif.gz	61.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/1wi2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/1wi2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1fj7-d 1mut-d 2yty-d 2rvj-d 3l9k-1 2mjf-d 6r8i-d 2wdo-d 3l9k-4 3l9k-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: mmt007003102.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RIKEN cDNA 2700099C19

11.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the least restraint violations, target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	RIKEN cDNA 2700099C19 分子量: 11108.491 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: Cell-free protein synthesis / 遺伝子: RIKEN cDNA 2700099C19 / プラスミド: P030203-31 / 参照: UniProt: Q9CZG9

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 0.41mM 13C, 15N-labeled protein; 20mM phosphate buffer; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 120mM / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	2.6	Bruker	collection
NMRPipe	2002045	DELAGLIO, F.	解析
NMRView	5.0.4	Johonson, B. A.	データ解析
KUJIRA	0.8996	Kobayashi, N.	データ解析
CYANA	1.0.7	Guentert, P.	構造決定
CYANA	1.0.7	Guentert, P.	精密化

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, target function
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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