PDB-1wh2: Solution structure of the GYF domain of a hypothetical protein fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1wh2

タイトル

Solution structure of the GYF domain of a hypothetical protein from Arabidopsis thaliana

要素

Hypothetical protein At5g08430

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / GYF domain / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics, restrained molecular dynamics

データ登録者

Nameki, N. / Koshiba, S. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of the GYF domain of a hypothetical protein from Arabidopsis thaliana
著者: Nameki, N. / Koshiba, S. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2004年5月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年11月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1wh2.cif.gz	466 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1wh2.ent.gz	390.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1wh2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1wh2_validation.pdf.gz	350.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1wh2_full_validation.pdf.gz	456.8 KB	表示
XML形式データ	1wh2_validation.xml.gz	22.6 KB	表示
CIF形式データ	1wh2_validation.cif.gz	40.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wh/1wh2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wh/1wh2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1v85-d 2m0y-d 1gzr-d 2kxc-d 2dh9-d 3qjn-5 5ixf-d 3msh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: atr001006188.2

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (4) #31 - 2002年7月 p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Hypothetical protein At5g08430

8.63 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Hypothetical protein At5g08430 分子量: 8627.687 Da / 分子数: 1 / 断片: GYF domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 解説: cell-free protein synthesis / 遺伝子: RIKEN cDNA RAFL09-47-K03 / プラスミド: P030107-37 / 参照: UniProt: Q9FT92

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 0.4mM GYF domain U-15N, 13C; 20mM phosphate buffer NA; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 120mM / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	2.6	Bruker	collection
NMRPipe	20020425	Delaglio, F.	解析
NMRView	5.0.4	Johnson, B.A.	データ解析
KUJIRA	0.901	Kobayashi, N.	データ解析
CYANA	1.0.7	Guentert, P.	構造決定
OPALp		Koradi, R.,Billeter, M.,Guentert, P.	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics, restrained molecular dynamics
ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, target function
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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