PDB-1wgo: Solution structure of the PKD domain from human VPS10 domain-cont...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1wgo

タイトル

Solution structure of the PKD domain from human VPS10 domain-containing receptor SorCS2

要素

VPS10 domain-containing receptor SorCS2

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / polycystic kidney disease / PKD / structural genomics / KIAA1329 protein / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

neuropeptide receptor activity / long-term synaptic depression / neuropeptide signaling pathway / intracellular protein transport / postsynaptic density membrane / recycling endosome membrane / early endosome membrane / perikaryon / dendritic spine / intracellular membrane-bounded organelle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Chikayama, E. / Kigawa, T. / Tochio, N. / Koshiba, S. / Inoue, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of the PKD domain from human VPS10 domain-containing receptor SorCS2
著者: Chikayama, E. / Kigawa, T. / Tochio, N. / Koshiba, S. / Inoue, M. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2004年5月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年11月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1wgo.cif.gz	708.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1wgo.ent.gz	594.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1wgo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1wgo_validation.pdf.gz	343.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1wgo_full_validation.pdf.gz	496.5 KB	表示
XML形式データ	1wgo_validation.xml.gz	40.8 KB	表示
CIF形式データ	1wgo_validation.cif.gz	63.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/1wgo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/1wgo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3lx3-d 2v9s-4 5u87-d 4fz4-d 2q5y-2 2fgg-2 5l0i-d 4x2m-2 6o8l-1 3lag-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: hsk002001303.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: VPS10 domain-containing receptor SorCS2

13.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, target function
代表モデル

#1: タンパク質	VPS10 domain-containing receptor SorCS2 分子量: 13104.545 Da / 分子数: 1 / 断片: PKD domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Cell-free protein synthesis / 遺伝子: KAZUSA cDNA fh14788 / プラスミド: P040119-67 / 参照: UniProt: Q96PQ0

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1.12mM PKD domain U-15N, 13C; 20mM d-Tris-HCl(pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 120mM / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	2.6	Bruker	collection
NMRPipe	20030801	Delaglio, F.	解析
NMRView	5.0.4	Johnson, B.A.	データ解析
KUJIRA	0.901	Kobayashi, N.	データ解析
CYANA	2.0.17	Guentert, P.	構造決定
CYANA	2.0.17	Guentert, P.	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy, target function
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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