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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1wgb | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a probable flavoprotein from Thermus thermophilus HB8 | ||||||
要素 | probable flavoprotein | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / flavoprotein / HB8 / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む / monooxygenase activity / FMN binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Imagawa, T. / Tsuge, H. / Utsunomiya, H. / Yokoyama, S. / Kuramitsu, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of a probable flavoprotein from Thermus thermophilus HB8 著者: Imagawa, T. / Tsuge, H. / Utsunomiya, H. / Yokoyama, S. / Kuramitsu, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1wgb.cif.gz | 41.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1wgb.ent.gz | 32.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1wgb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1wgb_validation.pdf.gz | 418.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1wgb_full_validation.pdf.gz | 421.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1wgb_validation.xml.gz | 9.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1wgb_validation.cif.gz | 13 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/1wgb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wg/1wgb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17890.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q72LK7 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.22 % |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 0.97923, 0.9000, 0.97954 | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.9→34 Å / Num. all: 13607 / Num. obs: 13607 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.85 % / Rmerge(I) obs: 0.038 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 9.09 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→34 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→34 Å
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拘束条件 |
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