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万見
- PDB-1wfb: WINTER FLOUNDER ANTIFREEZE PROTEIN ISOFORM HPLC6 AT-180 DEGREES C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wfb
タイトルWINTER FLOUNDER ANTIFREEZE PROTEIN ISOFORM HPLC6 AT-180 DEGREES C
要素ANTIFREEZE PROTEIN ISOFORM HPLC6
キーワードANTIFREEZE POLYPEPTIDE / ICE BINDING PROTEIN / THERMAL HYSTERESIS PROTEIN
機能・相同性Antifreeze protein, type I / ice binding / extracellular space / identical protein binding / Ice-structuring protein A
機能・相同性情報
生物種Pseudopleuronectes americanus (魚類)
手法X線回折 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Yang, D.S.C. / Sicheri, F.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1995
タイトル: Ice-binding structure and mechanism of an antifreeze protein from winter flounder.
著者: Sicheri, F. / Yang, D.S.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure Determination of an Antifreeze Protein from Winter Flounder
著者: Sicheri, F. / Yang, D.S.C.
履歴
登録1995年4月3日処理サイト: BNL
改定 1.01995年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANTIFREEZE PROTEIN ISOFORM HPLC6
B: ANTIFREEZE PROTEIN ISOFORM HPLC6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,4852
ポリマ－6,4852
非ポリマー00
水2,342130
1
A: ANTIFREEZE PROTEIN ISOFORM HPLC6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,2421
ポリマ－3,2421
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ANTIFREEZE PROTEIN ISOFORM HPLC6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,2421
ポリマ－3,2421
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.409, 36.543, 21.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.36, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド ANTIFREEZE PROTEIN ISOFORM HPLC6


分子量: 3242.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudopleuronectes americanus (魚類)
参照: UniProt: P04002
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.85 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.3 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
24 mg/mlprotein11
320 mMTris-HCl11
1acetone11

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データ収集

放射光源波長: 1.54
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年7月1日
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 8329 / % possible obs: 89.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.054
反射
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 40 Å / Num. measured all: 28251 / Rmerge(I) obs: 0.054

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
RIGAKUデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.5→8 Å / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.196 --
Rwork0.177 --
obs0.177 8218 83.8 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数566 0 0 390 956
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 19.1 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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