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- PDB-1we1: Crystal structure of heme oxygenase-1 from cyanobacterium Synecho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1we1
タイトルCrystal structure of heme oxygenase-1 from cyanobacterium Synechocystis sp. PCC6803 in complex with heme
要素Heme oxygenase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


: / heme oxygenase (biliverdin-producing) / heme oxidation / heme oxygenase (decyclizing) activity / heme catabolic process / photosynthesis / response to oxidative stress / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Haem oxygenase conserved site / Heme oxygenase signature. / Haem oxygenase / Haem oxygenase-like / Heme oxygenase / Heme oxygenase-like / Heme Oxygenase; Chain A / Haem oxygenase-like, multi-helical / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / ISOPROPYL ALCOHOL / PHOSPHATE ION / Heme oxygenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Sugishima, M. / Migita, C.T. / Zhang, X. / Yoshida, T. / Fukuyama, K.
引用
ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of heme oxygenase-1 from cyanobacterium Synechocystis sp. PCC 6803 in complex with heme
著者: Sugishima, M. / Migita, C.T. / Zhang, X. / Yoshida, T. / Fukuyama, K.
#1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2003
タイトル: Expression and characterization of cyanobacterium heme oxygenase, a key enzyme in the phycobilin synthesis. Properties of the heme complex of recombinant active enzyme
著者: Migita, C.T. / Zhang, X. / Yoshida, T.
履歴
登録2004年5月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heme oxygenase 1
B: Heme oxygenase 1
C: Heme oxygenase 1
D: Heme oxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,64923
ポリマ－108,3354
非ポリマー3,31419
水3,765209
1
A: Heme oxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9867
ポリマ－27,0841
非ポリマー9036
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Heme oxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9516
ポリマ－27,0841
非ポリマー8675
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Heme oxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8565
ポリマ－27,0841
非ポリマー7724
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Heme oxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8565
ポリマ－27,0841
非ポリマー7724
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)110.790, 113.730, 109.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.26, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1027-

HOH

詳細biological unit is monomer

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Heme oxygenase 1


分子量: 27083.664 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / プラスミド: pMW172 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P72849, heme oxygenase (biliverdin-producing)

-
非ポリマー , 5種, 228分子

#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#5: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9
詳細: PEG 400, 2-propanol, 1,5-diaminopentane dihydrochloride, sodium citrate, pottasium phosphate, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1.5 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月29日
放射モノクロメーター: Si(111) double monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 46584 / Num. obs: 46584 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 61.6 Å2 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 5929 / Rsym value: 0.302 / % possible all: 83.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DVE

1dve


解像度: 2.5→20 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 4214 -random
Rwork0.22 ---
all0.224 41943 --
obs0.224 41943 96.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: -0.079 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.197 Å2-5.318 Å27.516 Å2
2--0 Å2-2.005 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.33 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.47 Å0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7040 0 219 209 7468
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.214
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.56
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.752
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.59 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.427 393 -
Rwork0.348 --
obs-3913 90.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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