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万見
- PDB-1wbu: Fragment based lead discovery using crystallography -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wbu
タイトルFragment based lead discovery using crystallography
要素RIBONUCLEASE
キーワードHYDROLASE / RIBONUCLEASE / INHIBITOR / ENDONUCLEASE / GLYCOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-AMINO-1H-PYRIMIDINE-2,4-DIONE / Ribonuclease pancreatic / Ribonuclease pancreatic
類似検索 - 構成要素
生物種BOS TAURUS (ウシ)
手法X線回折 / OTHER / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Cleasby, A. / Hartshorn, M.J. / Murray, C.W. / Jhoti, H. / Tickle, I.J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2005
タイトル: Fragment-Based Lead Discovery Using X-Ray Crystallography
著者: Hartshorn, M.J. / Murray, C.W. / Cleasby, A. / Frederickson, M. / Tickle, I.J. / Jhoti, H.
履歴
登録2004年11月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBONUCLEASE
B: RIBONUCLEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6714
ポリマ－27,4172
非ポリマー2542
水3,999222
1
A: RIBONUCLEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8352
ポリマ－13,7081
非ポリマー1271
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: RIBONUCLEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8352
ポリマ－13,7081
非ポリマー1271
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)100.035, 32.604, 72.321
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.70, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 RIBONUCLEASE / RIBONUCLEASE A / RNASE 1 / RNASE A


分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) BOS TAURUS (ウシ) / 器官: PANCREAS / 参照: UniProt: P61824, UniProt: P61823*PLUS, EC: 3.1.27.5
#2: 化合物 ChemComp-WBU / 5-AMINO-1H-PYRIMIDINE-2,4-DIONE / 5-アミノウラシル


分子量: 127.101 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5N3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.81 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MSC / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→19 Å / Num. obs: 20393 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.04

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.9→19 Å / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2696 926 4.9 %RANDOM
Rwork0.2069 ---
obs0.2069 18295 97.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.026 Å20 Å20.004 Å2
2---0.006 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1902 0 18 222 2142
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.003677
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.81583
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5LIG_CNX.PARLIG_CNX.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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