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万見
- PDB-1wab: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wab
タイトルPLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE
要素PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE
キーワードPLATELET FACTOR / OXIDOREDUCTASE / FLAVOPROTEIN / FAD / PEROXISOME
機能・相同性
機能・相同性情報


platelet-activating factor acetyltransferase activity / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase complex / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase activity / lipid catabolic process / spermatogenesis / protein heterodimerization activity / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SGNH hydrolase / SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family / SGNH hydrolase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Platelet-activating factor acetylhydrolase IB subunit alpha1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Ho, Y.S. / Swenson, L. / Derewenda, U. / Serre, L. / Wei, Y. / Dauter, Z. / Hattori, M. / Aoki, J. / Arai, H. / Adachi, T. ...Ho, Y.S. / Swenson, L. / Derewenda, U. / Serre, L. / Wei, Y. / Dauter, Z. / Hattori, M. / Aoki, J. / Arai, H. / Adachi, T. / Inoue, K. / Derewenda, Z.S.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1997
タイトル: Brain acetylhydrolase that inactivates platelet-activating factor is a G-protein-like trimer.
著者: Ho, Y.S. / Swenson, L. / Derewenda, U. / Serre, L. / Wei, Y. / Dauter, Z. / Hattori, M. / Adachi, T. / Aoki, J. / Arai, H. / Inoue, K. / Derewenda, Z.S.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1994
タイトル: The Catalytic Subunit of Bovine Brain Platelet-Activating Factor Acetylhydrolase is a Novel Type of Serine Esterase
著者: Hattori, M. / Adachi, H. / Tsujimoto, M. / Arai, H. / Inoue, K.
履歴
登録1996年10月30日処理サイト: BNL
改定 1.01997年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9622
ポリマ－25,9031
非ポリマー591
水4,179232
1
A: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE
ヘテロ分子

A: PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9254
ポリマ－51,8072
非ポリマー1182
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+2/31
単位格子
Length a, b, c (Å)81.260, 81.260, 72.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-528-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PLATELET-ACTIVATING FACTOR ACETYLHYDROLASE / PAF-AH


分子量: 25903.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: WITH ACETATE BOUND / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: BRAIN
参照: UniProt: Q29460, 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.5 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12.15-3.15 mg/mlprotein1drop
25 mMTris-HCl1drop
31 mMDTT1drop
48 %satammonium sulfate1drop
5100 mMsodium acetate1drop
616 %satammonium sulfate1reservoir
7200 mMsodium acetate1reservoir

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.859
検出器タイプ: MARRESEARCH / 日付: 1995年11月25日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.859 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 33716 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 0.063
反射
*PLUS
最高解像度: 1.65 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 387544

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
PROLSQ精密化
REFMAC精密化
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.7→8.5 Å /
Rfactor反射数
Rwork0.1954 -
obs-30578
原子変位パラメータBiso mean: 23.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→8.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1690 0 4 232 1926
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0150.2
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0470.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.1083
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.855
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it4.3726
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it5.9738
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.050.04
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1780.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2560.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1710.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor5.73
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor16.78
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor36.310
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor all: 0.1954
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 23.108 Å2
拘束条件
*PLUS
タイプ: p_angle_d / Dev ideal: 0.034

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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