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万見
- PDB-1wa9: Crystal Structure of the PAS repeat region of the Drosophila cloc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wa9
タイトルCrystal Structure of the PAS repeat region of the Drosophila clock protein PERIOD
要素PERIOD CIRCADIAN PROTEIN
キーワードCIRCADIAN RHYTHM / PERIOD / PAS DOMAIN / CLOCK PROTEIN / PHOSPHORYLATION / POLYMORPHISM
機能・相同性
機能・相同性情報


Nuclear import of PER and TIM / Dephosphorylation of TIM / eclosion rhythm / Transcription repression by PER and activation by PDP1 / Dephosphorylation of PER / Phosphorylation of PER and TIM / copulation / Degradation of PER / Degradation of TIM / male courtship behavior, veined wing generated song production ...Nuclear import of PER and TIM / Dephosphorylation of TIM / eclosion rhythm / Transcription repression by PER and activation by PDP1 / Dephosphorylation of PER / Phosphorylation of PER and TIM / copulation / Degradation of PER / Degradation of TIM / male courtship behavior, veined wing generated song production / circadian temperature homeostasis / circadian sleep/wake cycle / courtship behavior / rhythmic behavior / regulation of locomotor rhythm / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / entrainment of circadian clock / circadian behavior / mating behavior / response to temperature stimulus / entrainment of circadian clock by photoperiod / locomotor rhythm / response to light stimulus / long-term memory / behavioral response to cocaine / transcription corepressor binding / determination of adult lifespan / transcription coregulator activity / circadian regulation of gene expression / regulation of circadian rhythm / circadian rhythm / transcription corepressor activity / cell body / response to oxidative stress / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single helix bin / : / PAS domain / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain ...Single helix bin / : / PAS domain / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / PAS domain superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Period circadian protein
類似検索 - 構成要素
生物種DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Yildiz, O. / Doi, M. / Yujnovsky, I. / Cardone, L. / Berndt, A. / Hennig, S. / Schulze, S. / Urbanke, C. / Sassone-Corsi, P. / Wolf, E.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2005
タイトル: Crystal Structure and Interactions of the Pas Repeat Region of the Drosophila Clock Protein Period
著者: Yildiz, O. / Doi, M. / Yujnovsky, I. / Cardone, L. / Berndt, A. / Hennig, S. / Schulze, S. / Urbanke, C. / Sassone-Corsi, P. / Wolf, E.
履歴
登録2004年10月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02005年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PERIOD CIRCADIAN PROTEIN
B: PERIOD CIRCADIAN PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,9152
ポリマ－82,9152
非ポリマー00
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)140.440, 140.440, 61.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9529, 0.0677, -0.2955), (0.0353, -0.9433, -0.33), (-0.3011, -0.3248, 0.8966)
ベクター: 226.9669, 133.1289, 57.6181)

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要素

#1: タンパク質 PERIOD CIRCADIAN PROTEIN / CLOCK-6 PROTEIN / CLK-6


分子量: 41457.469 Da / 分子数: 2 / 断片: PAS REPEAT REGION, RESIDUES 232-599 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P07663
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 %
結晶化pH: 7.7 / 詳細: 500 MM CALCIUM CHLORIDE, pH 7.70

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月19日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: DIAMOND CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→25 Å / Num. obs: 21048 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 87.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 3.15→3.25 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Rsym value: 0.38 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.15→25 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2772 1053 5 %RANDOM
Rwork0.2279 ---
obs0.2279 21045 99.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 58.4308 Å2 / ksol: 0.213266 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 63.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.702 Å20 Å20 Å2
2--1.702 Å20 Å2
3----3.403 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.52 Å0.41 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.85 Å0.63 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5033 0 0 6 5039
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009296
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.51092
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.97
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.15→3.26 Å / Rfactor Rfree error: 0.051 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.516 104 5 %
Rwork0.42 1978 -
obs--99.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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